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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r4a | ||||||||||||
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タイトル | PARP15 catalytic domain in complex with OUL188 | ||||||||||||
要素 | Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Mono-ADP-transferase / Inhibitor / Complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Murthy, S. / Maksimainen, M.M. / Lehtio, L. | ||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: [1,2,4]Triazolo[3,4- b ]benzothiazole Scaffold as Versatile Nicotinamide Mimic Allowing Nanomolar Inhibition of Different PARP Enzymes. 著者: Murthy, S. / Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Vagaggini, C. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Ashok, Y. / Venkannagari, H. / Prunskaite- ...著者: Murthy, S. / Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Vagaggini, C. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Ashok, Y. / Venkannagari, H. / Prunskaite-Hyyrylainen, R. / Dreassi, E. / Luscher, B. / Korn, P. / Tabarrini, O. / Lehtio, L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r4a.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r4a.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r4a_validation.pdf.gz | 734.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r4a_full_validation.pdf.gz | 736.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7r4a_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r4a_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r3lC 7r3oC 7r3zC 7r59C 7r5dC 7r5xC 7z1vC 7z1wC 7z1yC 7z2oC 7z2qC 7z41C 3bljS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.23729/0b11fe27-a545-48b0-a953-292d1e1e1d38 データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25439.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-I1B / | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium chloride pH 7.5, 16 - 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979957 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979957 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40198 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 2893 / CC1/2: 0.462 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BLJ 解像度: 1.9→43.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.217 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.49 Å2 / Biso mean: 31.301 Å2 / Biso min: 16.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→43.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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