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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r00 | ||||||||||||
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タイトル | ATAD2 in complex with FragLite33 | ||||||||||||
![]() | ATPase family AAA domain-containing protein 2 | ||||||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / ATAD2 / INHIBITOR / FRAGMENT / BROMODOMAIN / FRAGLITE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Noble, M.E.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions. 著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / Endicott, J.A. / Hardcastle, I.R. / Noble, M.E.M. / Waring, M.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 821.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 823 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ppxC ![]() 7qu7C ![]() 7qukC ![]() 7qumC ![]() 7qwoC ![]() 7qx1C ![]() 7qxtC ![]() 7qykC ![]() 7qylC ![]() 7qzmC ![]() 7qzyC ![]() 7qzzC ![]() 7r05C ![]() 7r0yC ![]() 7z9hC ![]() 7z9iC ![]() 7z9jC ![]() 7z9nC ![]() 7z9oC ![]() 7z9sC ![]() 7z9uC ![]() 7z9wC ![]() 7z9yC ![]() 7za6C ![]() 7za7C ![]() 7za8C ![]() 7za9C ![]() 7zaaC ![]() 7zadC ![]() 7zaeC ![]() 7zajC ![]() 7zaqC ![]() 7zarC ![]() 7zatC ![]() 7ze6C ![]() 7ze7C ![]() 7zefC ![]() 7zenC ![]() 7zfnC ![]() 7zfoC ![]() 7zfsC ![]() 7zftC ![]() 7zfuC ![]() 7zfvC ![]() 7zfyC ![]() 7zfzC ![]() 7zg1C ![]() 7zg2C ![]() 3daiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 187分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HWC.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HWC.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-HWC / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M BisTris pH 6-7, 1.7-2.1M Ammonium sulphate / PH範囲: 6-7 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.48→137.08 Å / Num. obs: 43256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DAI 解像度: 1.48→61.496 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.147 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→61.496 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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