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万見
- PDB-7qxd: Recognition of Staphylococcus aureus wall teichoic acid analogue ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qxd
タイトルRecognition of Staphylococcus aureus wall teichoic acid analogue SA475 (compound 2) by Fab4497
要素(Antibody Fab 4497 ...) x 2
キーワードCARBOHYDRATE / Antibody / Fab fragment / teichoic acid analogue
機能・相同性Chem-G5F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Soriano-Maldonado, P. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)BFU2017-82207-P スペイン
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Antibody Recognition of Different Staphylococcus aureus Wall Teichoic Acid Glycoforms.
著者: Di Carluccio, C. / Soriano-Maldonado, P. / Berni, F. / de Haas, C.J.C. / Temming, A.R. / Hendriks, A. / Ali, S. / Molinaro, A. / Silipo, A. / van Sorge, N.M. / van Raaij, M.J. / Codee, J.D.C. / Marchetti, R.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Antibody Fab 4497 heavy chain
LLL: Antibody Fab 4497 light chain
KKK: Antibody Fab 4497 heavy chain
MMM: Antibody Fab 4497 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,80311
ポリマ－98,7544
非ポリマー2,0507
水14,736818
1
HHH: Antibody Fab 4497 heavy chain
LLL: Antibody Fab 4497 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3495
ポリマ－49,3772
非ポリマー9723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
KKK: Antibody Fab 4497 heavy chain
MMM: Antibody Fab 4497 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4556
ポリマ－49,3772
非ポリマー1,0784
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.392, 113.371, 154.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11HHH
21KKK
32LLL
42MMM

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUPROPROHHHA1 - 2161 - 216
221GLUGLUPROPROKKKC1 - 2161 - 216
332ASPASPGLUGLULLLB1 - 2191 - 219
442ASPASPGLUGLUMMMD1 - 2191 - 219

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HHHKKKLLLMMM

#1: 抗体 Antibody Fab 4497 heavy chain


分子量: 24880.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody Fab 4497 light chain


分子量: 24496.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 825分子

#3: 化合物 ChemComp-G5F / [(2~{S},3~{S},4~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-[[(2~{S},3~{R})-2,3-bis(oxidanyl)butoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2,3-bis(oxidanyl)pentyl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 783.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H47NO24P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid-NaOH pH 6.2, 0.25 M sodium chloride, 20% (w/v) poly-ethylene glycol 4000, 10% (v/v) glycerol, 200 mM magnesium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.649→91.41 Å / Num. obs: 127285 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.649→1.74 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 19760 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.247 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 5D6C

5d6c


解像度: 1.649→90.016 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.002 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 6287 4.947 %
Rwork0.1747 120810 -
all0.176 --
obs-127097 92.962 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.747 Å2-0 Å20 Å2
2---0.59 Å2-0 Å2
3----0.157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→90.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6636 0 125 818 7579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.6499471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3941.57714730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.675875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18422.593324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.049151097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.831535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.25942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.23329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2310.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1750.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1662.4783475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1612.4773474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2393.6994337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2383.74338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.152.8053481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1232.83474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8594.0415127
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8324.0325116
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.6429.8147552
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.50329.2327348
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0920.056315
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0910.056739
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.092240.05009
12KKKX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.092240.05009
23LLLX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090740.05008
24MMMX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090740.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.649-1.7380.2999620.29218773X-RAY DIFFRACTION99.9899
1.738-1.8440.2659530.23417754X-RAY DIFFRACTION100
1.844-1.9710.2445060.20910051X-RAY DIFFRACTION60.0717
1.971-2.1290.2138270.18415599X-RAY DIFFRACTION99.9817
2.129-2.3320.2126730.17412496X-RAY DIFFRACTION86.9126
2.332-2.6070.2126780.16513060X-RAY DIFFRACTION99.9927
2.607-3.0090.1976140.16611559X-RAY DIFFRACTION100
3.009-3.6850.1925120.1659862X-RAY DIFFRACTION99.9422
3.685-5.2070.1583510.1397168X-RAY DIFFRACTION92.5985
5.207-90.0160.1762100.1794452X-RAY DIFFRACTION99.8287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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