PDB-7qb4: Mus Musculus Acetylcholinesterase in complex with 7-[(1-benzylpip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qb4

タイトル

Mus Musculus Acetylcholinesterase in complex with 7-[(1-benzylpiperidin-3-yl)methoxy]-3,4-dimethyl-2H-chromen-2-one

要素

Acetylcholinesterase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.50001104077 Å

データ登録者

Ekstrom, F.J. / Forsgren, N.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Dual Reversible Coumarin Inhibitors Mutually Bound to Monoamine Oxidase B and Acetylcholinesterase Crystal Structures.
著者: Ekstrom, F. / Gottinger, A. / Forsgren, N. / Catto, M. / Iacovino, L.G. / Pisani, L. / Binda, C.

履歴

登録	2021年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qb4.cif.gz	526.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qb4.ent.gz	361.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qb4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qb4_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7qb4_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	7qb4_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7p4fC 7p4hC 7qakC 1j06S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Acetylcholinesterase

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.406, 111.048, 227.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質

Acetylcholinesterase / AChE

分子量: 59764.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 145分子

#3: 化合物	ChemComp-AJ9 / 3,4-dimethyl-7-[[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]methoxy]chromen-2-one / 7-[(1-benzylpiperidin-3-yl)methoxy]-3,4-dimethyl-2H-chromen-2-one 分子量: 377.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#7: 化合物	ChemComp-9YU / 2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol / 3,6,9,12,15,18,21-ヘプタオキサドコサン-1-オ-ル分子量: 340.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₂O₈
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 30% (v/v) polyethylene glycol 750 monomethylether, 100 mM HEPES, pH 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.191 Å / Num. obs: 70307 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 54.5079911089 Å² / CC_1/2: 0.891 / R_merge(I) obs: 0.2744 / Net I/σ(I): 9.05
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / R_merge(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 6926 / CC_1/2: 0.676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1J06

1j06

解像度: 2.50001104077→46.191 Å / SU ML: 0.254836318421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33568768175 / 位相誤差: 26.7739461301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216988384936	1396	2.00100336845 %
R_work	0.184216151478	68369	-
obs	0.184851813327	69765	99.2163945617 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.911917035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.50001104077→46.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8349	0	233	123	8705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00458981062971	8877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.730033888025	12081
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463415496789	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00505156950218	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1180288917	5227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.50001104077-2.5894	0.288619938692	145	0.262620407199	6649	X-RAY DIFFRACTION	98.0941380306
2.5894-2.693	0.29082160236	147	0.242110226553	6685	X-RAY DIFFRACTION	98.4438040346
2.693-2.8156	0.301458890144	134	0.238319947189	6701	X-RAY DIFFRACTION	98.345323741
2.8156-2.964	0.315869662398	139	0.228518107615	6765	X-RAY DIFFRACTION	99.1811521333
2.964-3.1496	0.235956846042	149	0.219318448737	6751	X-RAY DIFFRACTION	99.0383235252
3.1496-3.3928	0.273191489352	123	0.212040286766	6846	X-RAY DIFFRACTION	99.713836028
3.3928-3.7341	0.236741845379	147	0.191647817477	6847	X-RAY DIFFRACTION	99.6722245974
3.7341-4.2741	0.191205961538	134	0.162332260364	6928	X-RAY DIFFRACTION	99.9009760928
4.2741-5.3835	0.148140750732	136	0.146188409455	6970	X-RAY DIFFRACTION	99.9577999719
5.3835-46.191	0.195494003596	142	0.172223196124	7227	X-RAY DIFFRACTION	99.7428262047

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.15616027505	-0.0798873233467	0.200427905795	1.60756466249	-0.200976727693	3.14334567561	-0.0599343033003	-0.213834879987	0.0309867309349	0.24001874529	0.0126012330265	-0.0139694452863	0.0922047864552	-0.020956725854	0.0520068099498	0.512670893441	0.0160911211069	-0.0156935077389	0.446654311809	0.0287072546689	0.387055045246	31.1918660563	12.1471113579	29.7719169729
2	4.32995867537	1.27377540379	0.216727893507	2.00478372858	-0.0288722506185	2.83024595624	-0.0886158833403	0.263652093753	-0.36035177239	-0.0903240149176	0.0497606477108	-0.208638065266	0.413986766066	0.214273444712	0.0324524193584	0.492109300952	0.101074162351	0.037049625793	0.405265987229	0.0124779855009	0.375120157798	39.9261359896	8.3740523453	11.8401794384
3	1.31135910256	1.7933560655	-0.785892926401	7.77575029654	-2.95213672156	4.48098308365	0.056402588988	-0.0232055340236	0.167963255239	0.404674434964	-0.0168879596529	-0.0204860213944	-0.572921418757	0.0523685058827	-0.014071700349	0.40451213691	-0.037693773749	-0.0210370482927	0.523002792598	0.0313678904089	0.437681220509	23.8069798486	22.2375450194	1.29191250346
4	1.46977309452	-0.331280650068	0.180857614002	2.05644252096	0.159235735095	5.34392646336	-0.0425625259618	0.0693202214035	-0.0359697708864	-0.156103200866	0.0174103095554	0.317516998072	-0.00392553770121	-0.594235574073	0.0231923465782	0.331085738262	-0.0489190584194	-0.0312067473928	0.456181726878	0.0131960759054	0.428653489264	16.7917990425	15.1399023164	8.55655001752
5	2.64759284607	-0.708131616684	2.68717454194	4.65129717075	-0.877221927156	7.90999783968	-0.125886637975	-0.000834353263472	-0.73573415841	0.29458155298	0.12774385455	0.854922041045	0.977074674173	-1.81978244194	0.0776832330957	0.689604199703	-0.333595719429	0.0494979936715	0.89999623845	0.0803733225152	0.687084693674	6.77951355433	1.34316509486	13.9326827728
6	3.5130142322	-1.19600562586	-3.25571340337	2.63785342558	1.88777302174	4.83598456224	0.16547005283	-0.000952400213948	0.0121718737785	-0.359866684432	-0.0541624823686	0.134315452384	0.179663330807	0.126622673679	-0.0594602710422	0.630593247831	-0.0213694007125	-0.137275971215	0.735611517052	0.00202318931747	0.461272672403	17.4215968626	6.34888518911	-0.859910959949
7	6.98858216136	-1.77530084195	-4.69961699092	2.94930169722	1.84905801485	6.55545076272	0.0645314509251	0.688614480526	0.158614053051	-0.41005689375	-0.166087238241	0.274400316502	-0.0465611696488	-0.947188791024	0.0761677569387	0.624410520212	-0.0178175725277	-0.0957490122621	0.620852109582	-0.121294274039	0.473907448929	-3.67825586019	5.90262941837	-61.6107341425
8	0.629115041307	-0.0400074150075	0.0345948881406	2.42147647494	0.180193739026	3.19279781531	0.190595408076	0.266334185637	-0.28529842063	-0.121894927167	-0.214578422004	0.31055726645	0.54947240719	-0.305196626693	0.0033933981558	0.542158030235	-0.0785244318536	-0.0661130925905	0.579039289176	-0.0820229769483	0.407058149912	1.83128297288	0.532383566469	-51.630649382
9	2.84836065837	-1.74297411813	0.0893728359952	3.27705681257	0.242417532928	2.83717277026	0.221768777125	0.283280665105	0.0625425147842	-0.247659684411	-0.136848446415	-0.193423313401	-0.112034212124	0.273092652044	-0.0694442970686	0.455305660892	-0.038287271162	0.00357429277316	0.505855232941	-0.0540101379875	0.353192510935	13.5182019715	7.88903042435	-48.4165626093
10	2.70088955929	-0.789013100288	-1.04703199963	3.26310925602	1.5533914493	3.31184866342	0.0840432226471	0.132892926363	-0.153025587632	-0.0947367201722	0.0917389910498	-0.34276831767	0.305351436158	0.602343132479	-0.159538256539	0.54848029104	0.0415682877908	-0.118505778088	0.559520776667	-0.047058797888	0.357854981339	20.9744757842	0.955533114222	-43.8711713395
11	4.38891320789	0.628781221271	0.173534391527	4.49851226925	0.100658904768	2.45908574667	0.314725565282	-0.235141518474	-0.610568201681	0.649328553114	-0.116276480772	-0.0255778987547	0.84760843256	0.0906846510217	-0.224103557277	0.899941384067	0.00171143555963	-0.0548547195552	0.442166201121	-0.0118218078631	0.425485681709	13.9031533467	-6.41967504165	-21.6873940592
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13	9.95819474111	1.54880656076	1.76152205933	4.08546811234	-1.79102191752	6.37764000712	-0.131671234771	-0.548640290041	1.0561869108	0.205818693572	0.0246901048984	0.409932894306	-0.682345146812	-0.468714676696	0.152570342391	0.745736736955	0.0637468560852	0.0251588252271	0.452883250102	-0.102312879013	0.522370045879	-1.33068114235	22.1726898435	-28.6144976017
14	5.22232685393	-0.523094209149	2.72004957078	1.42860432797	0.21534993873	2.69632597679	0.148194390664	0.244376905663	-0.236569566575	0.0652785346195	-0.0980022663492	0.0245005621731	0.258884203788	0.278859214489	-0.0339974989668	0.782698645195	-0.0405642342308	-0.0229896376176	0.641850551562	-0.0415994353353	0.396957285442	12.9925628574	11.1592966371	-21.4551317108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 214 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 215 through 324 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 325 through 366 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 367 through 486 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 487 through 513 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 514 through 542 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 141 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 142 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 331 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 332 through 382 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 383 through 486 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 487 through 513 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 514 through 543 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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