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- PDB-7ppx: ATAD2 in complex with FragLite3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppx
タイトルATAD2 in complex with FragLite3
要素ATPase family AAA domain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / Activator / Hydrolase / Nucleotide-binding / Fragment binding / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-bromanyl-1,2-oxazole / ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Turberville, S. / Martin, M.P. / Hope, I. / Wood, D.J. / Ng, Y.M. / Heath, R. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 英国
Cancer Research UKC2215/A21421 英国
Cancer Research UKC57659/A27310 英国
Cancer Research UKC1362/A20263 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mapping Ligand Interactions of Bromodomains BRD4 and ATAD2 with FragLites and PepLites─Halogenated Probes of Druglike and Peptide-like Molecular Interactions.
著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / ...著者: Davison, G. / Martin, M.P. / Turberville, S. / Dormen, S. / Heath, R. / Heptinstall, A.B. / Lawson, M. / Miller, D.C. / Ng, Y.M. / Sanderson, J.N. / Hope, I. / Wood, D.J. / Cano, C. / Endicott, J.A. / Hardcastle, I.R. / Noble, M.E.M. / Waring, M.J.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,57417
ポリマ－15,4541
非ポリマー1,12016
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.205, 79.205, 137.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1216-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / プラスミド: pET 28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-7ZX / 4-bromanyl-1,2-oxazole


分子量: 147.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2BrNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 2.4 AmSO4, ATAD2~5 mg mL-1.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→68.96 Å / Num. obs: 56615 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
7.39-68.96160.0314380.9980.010.033
1.35-1.3710.33.926670.2041.8134.317
7.39-68.96160.0314380.9980.010.033
1.35-1.3710.33.926670.2041.8134.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
pointlessデータスケーリング
DIALSデータ収集
DIMPLE位相決定
Cootモデル構築
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DAI

3dai


解像度: 1.35→68.688 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.216 / Average fsc free: 0.8859 / Average fsc work: 0.8913 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2936 5.193 %
Rwork0.2108 53598 -
all0.212 --
obs-56534 99.607 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.546 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.024 Å20.012 Å20 Å2
2--0.024 Å2-0 Å2
3----0.077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→68.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 65 163 1312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0121187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2471.6741585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5585137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23520.92176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03815215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9191514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1770.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2340.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8172.575539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9923.833679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7613.315648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3564.69906
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.50538.6831888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.3850.3431890.3423784X-RAY DIFFRACTION96.432
1.385-1.4230.322060.3273755X-RAY DIFFRACTION98.8027
1.423-1.4640.332020.3013721X-RAY DIFFRACTION100
1.464-1.5090.3242030.2733595X-RAY DIFFRACTION100
1.509-1.5590.2741810.273512X-RAY DIFFRACTION100
1.559-1.6130.2672020.2513369X-RAY DIFFRACTION100
1.613-1.6740.2561770.2433276X-RAY DIFFRACTION100
1.674-1.7430.251580.2343163X-RAY DIFFRACTION100
1.743-1.820.241700.2413036X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.9090.2851560.2352917X-RAY DIFFRACTION99.9675
1.909-2.0120.2591370.2252785X-RAY DIFFRACTION100
2.012-2.1340.2671530.2242625X-RAY DIFFRACTION100
2.134-2.2820.2371540.2082470X-RAY DIFFRACTION100
2.282-2.4640.2261320.2072324X-RAY DIFFRACTION100
2.464-2.70.2131190.1972147X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.0180.1881040.2011959X-RAY DIFFRACTION100
3.018-3.4850.211090.181740X-RAY DIFFRACTION100
3.485-4.2670.185850.1551500X-RAY DIFFRACTION100
4.267-6.0320.214600.1871203X-RAY DIFFRACTION100
6.032-68.6880.243390.271717X-RAY DIFFRACTION97.6744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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