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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ph2 | ||||||||||||
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タイトル | Nanodisc reconstituted MsbA in complex with nanobodies, spin-labeled at position A60C | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / nanobody / Gd-DOTA | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Januliene, D. / Parey, K. / Galazzo, L. / Meier, G. / Vecchis, D. / Striednig, B. / Hilbi, H. / Schaefer, L.V. / Kuprov, I. / Bordignon, E. ...Januliene, D. / Parey, K. / Galazzo, L. / Meier, G. / Vecchis, D. / Striednig, B. / Hilbi, H. / Schaefer, L.V. / Kuprov, I. / Bordignon, E. / Seeger, M.A. / Moeller, A. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: The ABC transporter MsbA adopts the wide inward-open conformation in cells. 著者: Laura Galazzo / Gianmarco Meier / Dovile Januliene / Kristian Parey / Dario De Vecchis / Bianca Striednig / Hubert Hilbi / Lars V Schäfer / Ilya Kuprov / Arne Moeller / Enrica Bordignon / Markus A Seeger / 要旨: Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their ...Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their physiological environment. However, to truly understand the biophysical properties of membrane proteins in a physiological environment, they must be investigated within living cells. Here, we used a spin-labeled nanobody to interrogate the conformational cycle of the ABC transporter MsbA by double electron-electron resonance. Unexpectedly, the wide inward-open conformation of MsbA, commonly considered a nonphysiological state, was found to be prominently populated in cells. Molecular dynamics simulations revealed that extensive lateral portal opening is essential to provide access of its large natural substrate core lipid A to the binding cavity. Our work paves the way to investigate the conformational landscape of membrane proteins in cells. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ph2.cif.gz | 241.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ph2.ent.gz | 198.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ph2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ph2_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ph2_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ph2_validation.xml.gz | 61.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ph2_validation.cif.gz | 88.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7ph2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7ph2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13404MC 7ndfC 7ph3C 7ph4C 7ph7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65760.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: msbA, b0914, JW0897 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P60752, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter #2: 抗体 | 分子量: 12369.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody is labeled with GMO-GD at Cys60 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-EIW / ( | |
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