+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pci | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BurG (holo) in complex with hydroxypyruvate-enol (8): Biosynthesis of cyclopropanol rings in bacterial toxins | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
キーワード | LYASE / Pathogens / Natural Products / Toxins / Biosynthesis / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia thailandensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022 タイトル: Pathogenic bacteria remodel central metabolic enzyme to build a cyclopropanol warhead. 著者: Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida-Ito, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pci.cif.gz | 150.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7pci.ent.gz | 116.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pci_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7pci_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pci_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pci_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pccSC 7pceC 7pcgC 7pclC 7pcmC 7pcnC 7pcoC 7pctC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38716.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: ilvC-2, BTH_II2094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q2T3G7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
---|
-非ポリマー , 5種, 69分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-74I / ( | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Imidazole; 20% PEG 6K, 2 mM NAD+, 5 mM MgCl2, 2 mM (8) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 23699 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3335 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PCC 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 12 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.89 Å2 / Biso mean: 28.13 Å2 / Biso min: 19.72 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.052 Å / Origin y: -27.552 Å / Origin z: 13.059 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|