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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p8u | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with p-cresyl sulfate | ||||||
要素 | Leucotoxin LukEv | ||||||
キーワード | TOXIN / leukotoxin / beta barrel pore forming toxin / cytolysis / hemolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lambey, P. / Hoh, F. / Peysson, F. / Granier, S. / Leyrat, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Structural insights into recognition of chemokine receptors by Staphylococcus aureus leukotoxins. 著者: Lambey, P. / Otun, O. / Cong, X. / Hoh, F. / Brunel, L. / Verdie, P. / Grison, C.M. / Peysson, F. / Jeannot, S. / Durroux, T. / Bechara, C. / Granier, S. / Leyrat, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p8u.cif.gz | 138.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p8u.ent.gz | 106.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p8u_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p8u_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p8u_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p8u_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34686.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lukEv, SAOUHSC_01955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FXB0 |
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-非ポリマー , 5種, 266分子
#2: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96545 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96545 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→47.65 Å / Num. obs: 48967 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 2360 / CC1/2: 0.624 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7P8T 解像度: 1.6→47.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.077
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.24 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.61 Å
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精密化 TLS | Origin x: 14.7474 Å / Origin y: -14.4656 Å / Origin z: -12.3236 Å
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精密化 TLSグループ |
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