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万見
- PDB-7p2u: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2u
タイトルCrystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 in complex with a 3-chlorophenyl-spiroindoline capped hydroxamate-based inhibitor, bound to a novel site
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / SmHDAC8 / novel binding-site / HDACi / histone-deacetilase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase / histone deacetylase activity / heterochromatin formation / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WB / : / L(+)-TARTARIC ACID / histone deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saccoccia, F. / Gemma, S. / Campiani, G. / Ruberti, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of Schistosoma mansoni histone deacetylase 8 reveal a novel binding site for allosteric inhibitors.
著者: Saccoccia, F. / Pozzetti, L. / Gimmelli, R. / Butini, S. / Guidi, A. / Papoff, G. / Giannaccari, M. / Brogi, S. / Scognamiglio, V. / Gemma, S. / Ruberti, G. / Campiani, G.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6708
ポリマ－49,8341
非ポリマー8367
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Steady-state kinetics experiments confirmed that ligand behaved as an allosteric inhibitor; fluorescence spectra - at equilibrium - confirmed the binding at a novel binding site; all of the ...根拠: Steady-state kinetics experiments confirmed that ligand behaved as an allosteric inhibitor; fluorescence spectra - at equilibrium - confirmed the binding at a novel binding site; all of the above experiments were confirmed by dedicated mutant form. More details will be released in related publication
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.369, 70.369, 186.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8


分子量: 49834.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H660

-
非ポリマー , 6種, 173分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-4WB / 5-[[(2R)-2-(3-chlorophenyl)-1'-methyl-spiro[2H-indole-3,4'-piperidine]-1-yl]methyl]-N-oxidanyl-thiophene-2-carboxamide


分子量: 468.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26ClN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-22% PEG 3350, 200mM sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.63 Å / Num. obs: 44460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8411.93.5343056325720.4981.063.6930.899.3
9-46.599.50.0342724510.9990.0110.03256.599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bz5

4bz5


解像度: 1.8→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.651 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. Used automatic weighting to optimize X-ray to stereochemistry weight
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 2204 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1808 42160 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.34 Å2 / Biso mean: 40.964 Å2 / Biso min: 25.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.35 Å2-0 Å2
3----2.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 47 166 3489
Biso mean--54.57 45.74 -
残基数----409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.6374711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.5757282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9345415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19621.73185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83615543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.491521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02834
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 155 -
Rwork0.341 3066 -
all-3221 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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