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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oy4 | ||||||
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タイトル | VDR complex of a side-chain hydroxylated derivatives of lithocholic acid | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / nuclear recptor / agonist | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hematopoietic stem cell proliferation / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / heart looping / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / ossification / calcium ion homeostasis / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / positive regulation of neuron differentiation / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PPARA activates gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / cerebral cortex development / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / cell differentiation / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rochel, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021 タイトル: Design, synthesis and evaluation of side-chain hydroxylated derivatives of lithocholic acid as potent agonists of the vitamin D receptor (VDR). 著者: Gonzalez, C.M. / Gaikwad, S. / Lasanta, G. / Loureiro, J. / Nilsson, N. / Peluso-Iltis, C. / Rochel, N. / Mourino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oy4.cif.gz | 125.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oy4.ent.gz | 96 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oy4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oy4_validation.pdf.gz | 380.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oy4_full_validation.pdf.gz | 382.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7oy4_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oy4_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oy4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTN2 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1776.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase |
#3: 化合物 | ChemComp-2WV / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.6 M lithium sulfate and 50 mM magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→43.97 Å / Num. obs: 20789 / % possible obs: 84.95 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.07 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 956 / CC1/2: 0.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HC4 解像度: 2→43.97 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.37 Å2 / Biso mean: 38.6859 Å2 / Biso min: 13.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→43.97 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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