PDB-7ovs: Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in the presenc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ovs

タイトル

Heterodimeric murine tRNA-guanine transglycosylase in the presence of Anderson-Evans type (TEW) and Strandberg type polyoxometalate (POM)

要素

(Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / TIM BARREL / DIMER / TGT

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Sebastiani, M. / Heine, A. / Reuter, K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase.
著者: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K.

履歴

登録	2021年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ovs.cif.gz	356.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ovs.ent.gz	239.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ovs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ovs_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ovs_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7ovs_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	7ovs_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ovs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h62SC 7b2iC 7ov9C 7ovoC 7owzC 6fv5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

C: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

ヘテロ分子

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.519, 199.519, 90.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22
Space group name Hall	P6₂2(x,y,z+1/3)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+2/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- TEW

-
Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1 分子量: 46710.465 Da / 分子数: 1 / 変異: M1del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 変異: M1_L10del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

#1: タンパク質

Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1

分子量: 46710.465 Da / 分子数: 1 / 変異: M1del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主:

Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax
参照: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

#2: タンパク質

Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase

分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 変異: M1_L10del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主:

Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax
参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

-
非ポリマー , 4種, 55分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI) 分子量: 1614.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂₄TeW₆
#5: 化合物	ChemComp-2I2 / pentadecaoxodiphosphopentatungstate 分子量: 1359.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₀O₂₃P₂W₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Na/K phosphate pH 6.8, 200 mM Sodium chloride, 14 % (w/v) PEG 1000, 1 mM TEW

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.56 Å / Num. obs: 61920 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 57.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / Num. unique obs: 9959 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6H62, 6FV5

6h62

6fv5

解像度: 2.6→48.56 Å / SU ML: 0.3421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	3116	5.03 %
R_work	0.2106	58799	-
obs	0.2121	61915	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5616	0	125	49	5790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	5914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2378	8313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4718	3504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.64	0.309	143	0.3093	2664	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.64-2.68	0.3114	138	0.2916	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.3469	143	0.3024	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.78	0.3207	145	0.2939	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.83	0.2904	139	0.2703	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.89	0.2688	142	0.2738	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.95	0.3051	137	0.2694	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.02	0.2761	143	0.2591	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.1	0.2955	143	0.2715	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.18	0.2647	140	0.2648	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.18-3.27	0.3248	141	0.2565	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.38	0.2795	143	0.2369	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.5	0.2571	143	0.2234	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.64	0.212	137	0.215	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.81	0.2118	140	0.209	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.01	0.2646	142	0.1897	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.26	0.1958	144	0.1847	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.59	0.2185	146	0.1753	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.05	0.1947	144	0.1757	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-5.78	0.2687	144	0.2037	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-7.27	0.2182	140	0.2051	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
7.27-48.56	0.2043	139	0.1592	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.78974175582	-0.332319911924	1.4736699371	2.21330789821	1.57376340383	2.79204521733	-0.11313101555	-0.479614474321	0.465684433784	0.212439859344	-0.174265705223	0.114481799043	-0.26160911281	-0.172965493789	0.250544344866	0.833654547555	-0.173069563595	-0.0599029121228	0.655357661299	-0.0651532101682	0.663500387894	-75.8768821311	48.9246427126	21.9875552025
2	1.70901595193	0.300038429367	0.41223783936	2.5948178625	-0.421868389697	0.580383072578	0.106774392071	-0.0440986365616	-0.065776751935	0.110069064538	-0.0905264372452	-0.120519418518	-0.0777546334726	0.0913886918557	-0.0238440298055	0.479528626017	-0.0698476647616	0.0566258772793	0.513809862267	0.0125102834696	0.467203719993	-82.5379042269	32.6923787392	7.54649927233
3	1.59744187447	0.740071258061	0.389569786199	4.26082007211	-0.902729649366	2.39948273182	0.00672414704066	0.299621907812	-0.026391044236	0.105495773502	-0.0364615912356	0.342463005168	-0.276408996725	0.0620106965589	0.132159500312	0.458348037134	-0.0230966259197	-0.0196797350411	0.529534624529	0.014550347155	0.445558776143	-85.4657121627	43.5077052078	2.12814029182
4	2.72615739222	0.70831962739	1.29497348554	4.70099858533	-0.763440327229	2.61963471638	-0.165281200371	0.0752984261978	0.537532902993	-0.0259892501545	0.263959621199	0.322930758394	-0.290303580486	0.0414289194472	-0.121976015911	0.55760652167	0.0053021998058	0.0454502688369	0.393060961564	0.0379679010785	0.476866216716	-85.4879419176	53.4604464584	1.33919545416
5	0.62934063877	-0.324883379273	0.202698367616	1.19224646656	-0.273094624052	1.26180462844	0.0295716831619	0.0209532784442	0.0419684052837	0.229541057779	-0.154287657351	-0.268549999022	-0.421424897214	0.323531450283	0.0843385871986	0.619846777374	-0.195194297873	0.0134344453619	0.580975769917	0.033166269722	0.635806826855	-65.9608185131	43.8672600906	8.77473656688
6	2.33659889078	-0.409137320466	1.12621279385	2.42269718109	-0.423641366619	1.21946530295	0.197005154381	-0.0640729782183	0.0530631467354	0.259489890821	-0.221091044229	-0.70363993973	-0.247009700342	0.348209483472	0.0172827087003	0.480464188377	-0.17821569391	-0.085583515923	0.622250981025	0.091496472868	0.604654781483	-59.4297872946	30.2123789574	17.3961743922
7	2.32743090366	-0.235139160841	-0.376619633817	1.44893461963	-0.416869779869	2.08900123409	-0.0470669089999	-0.149212047277	0.192073512216	0.279197401027	0.0151718471245	-0.239137913364	0.0477948756012	0.118056326567	0.00683998386171	0.466524359885	-0.114539567676	-0.122679506349	0.523531766194	0.0471550351608	0.420951416972	-66.9496785193	1.06845052775	22.9215981263
8	1.76087920925	-0.547020390623	-1.32821873559	2.03795636707	-0.74186232254	2.85926554501	-0.0103014107991	0.108039196547	0.0910714079149	-0.191033317379	0.00884007089837	-0.572581517551	0.203027516962	0.478005914621	0.00102939244684	0.425597913359	-0.00790202193507	-0.0494654156253	0.681820901509	0.0926100351553	0.738041504844	-54.7999706048	-8.71618297483	9.02062449615
9	3.615230762	0.26876747769	-1.59050254048	2.92042756444	0.533446384368	1.06807305173	-0.0444747803494	0.0532088284119	-0.28950453555	0.222306153057	-0.0700342401153	-0.444786169822	0.314511880454	0.21959019769	0.123611133532	0.488100258492	0.0151179437513	-0.0984717671322	0.437337780728	0.0938505584381	0.392071161837	-68.168110228	-16.6401676349	17.7768077061
10	0.632989074778	-0.387263707492	0.1168656001	2.96538513342	-0.51742419405	0.465787920018	0.162260146493	-0.0349833100679	0.0281157455852	0.163071431542	-0.219886093792	-0.138888684927	0.0444897153151	0.0430540524553	0.0708935695875	0.464003664495	-0.0891930441354	-0.0091713039068	0.473497467332	0.0178484957512	0.418365210634	-86.7174627704	3.69526524615	16.7388306603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 157 through 210 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 341 through 414 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 14 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 118 through 168 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 169 through 272 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 273 through 402 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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