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- PDB-7ouj: Crystal structure of the flavoprotein monooxygenase RubL from rub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ouj
タイトルCrystal structure of the flavoprotein monooxygenase RubL from rubromycin biosynthesis
要素RubL
キーワードFLAVOPROTEIN / monooxygenase / griseorhodin A biosynthesis / rubromycin biosynthesis
機能・相同性FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / (2S)-hexane-1,2,6-triol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-HYDROXYPROLINE / Putative polyketide hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces collinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.573 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Toplak, M. / Teufel, R.
資金援助 ドイツ, オーストリア, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TE 931/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TE 931/4-1 ドイツ
Austrian Science FundJ4482-B オーストリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Catalytic Control of Spiroketal Formation in Rubromycin Polyketide Biosynthesis.
著者: Toplak, M. / Saleem-Batcha, R. / Piel, J. / Teufel, R.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: RubL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3658
ポリマ－57,9191
非ポリマー1,4477
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.323, 57.514, 122.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.183, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 RubL


分子量: 57918.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYP is ligand from crystallisation buffer
由来: (組換発現) Streptomyces collinus (バクテリア)
遺伝子: rubL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KY42

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非ポリマー , 6種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-1JW / (2S)-hexane-1,2,6-triol / (-)-1,2,6-Hexanetriol / 6999990


分子量: 134.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#5: 化合物 ChemComp-HYP / 4-HYDROXYPROLINE / HYDROXYPROLINE / ヒドロキシプロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM DL-Arginine hydrochloride, 20 mM DL-Threonine, 20 mM DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, 20 mM DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, 20 mM trans-4-hydroxy-L-proline, 100 mM BES/TEA ...詳細: 20 mM DL-Arginine hydrochloride, 20 mM DL-Threonine, 20 mM DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, 20 mM DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, 20 mM trans-4-hydroxy-L-proline, 100 mM BES/TEA pH 7.5 buffer system, 12.5% PEG 4000 and 20% 1,2,6-Hexanetriol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→46.08 Å / Num. obs: 70014 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.57→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 10481 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IHG

3ihg


解像度: 1.573→37.778 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.18 / SU B: 2.014 / SU ML: 0.066 / Average fsc free: 0.8812 / Average fsc work: 0.8859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 3673 5.247 %
Rwork0.183 66335 -
all0.184 --
obs-70008 94.034 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.061 Å20 Å2-0.002 Å2
2--0.051 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.573→37.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 96 194 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.655651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5111.5878984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2895539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.75819.539217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7315596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0241547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.23778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.22066
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2910.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2090.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2752.6812162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2752.6812162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1844.0162699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1834.0182700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5243.051983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5233.051984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2254.4112952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2254.4112953
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.22531.7574435
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.20131.6634415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.573-1.6140.3762500.3735023X-RAY DIFFRACTION95.4389
1.614-1.6580.3342650.3344936X-RAY DIFFRACTION98.0951
1.658-1.7060.2932610.294795X-RAY DIFFRACTION97.3806
1.706-1.7590.2622650.2584653X-RAY DIFFRACTION97.444
1.759-1.8160.262540.2314411X-RAY DIFFRACTION96.1261
1.816-1.880.2392390.2074135X-RAY DIFFRACTION91.7943
1.88-1.9510.1952320.1724127X-RAY DIFFRACTION96.2889
1.951-2.030.2062120.1564044X-RAY DIFFRACTION96.1156
2.03-2.1210.181940.1523829X-RAY DIFFRACTION95.1289
2.121-2.2240.2051930.1523617X-RAY DIFFRACTION94.5879
2.224-2.3440.1912180.1623409X-RAY DIFFRACTION94.2078
2.344-2.4860.2051880.1693190X-RAY DIFFRACTION93.4181
2.486-2.6580.1811530.1692948X-RAY DIFFRACTION89.8841
2.658-2.870.2141730.1612777X-RAY DIFFRACTION92.3896
2.87-3.1430.1871480.1582543X-RAY DIFFRACTION91.9686
3.143-3.5140.1811300.1572262X-RAY DIFFRACTION89.5545
3.514-4.0550.1921140.1711961X-RAY DIFFRACTION87.775
4.055-4.9620.21720.1741628X-RAY DIFFRACTION84.4091
4.962-6.9990.213760.2111289X-RAY DIFFRACTION87.1648
6.999-37.7780.184360.163758X-RAY DIFFRACTION87.9291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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