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万見
- PDB-7op6: Bacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7op6
タイトルBacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-configured cyclophellitol aziridine
要素Beta-mannosidase
キーワードHYDROLASE / mannosidase / cyclophellitol aziridine
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-mannosidase / beta-mannosidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine / Chem-JIW / Chem-VKH / Beta-mannosidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Beenakker, T.J.M. / Kuo, C. / Wong, C. / Offen, W.A. / Armstrong, Z. / Codee, J.D.C. / Aerts, J.M.F.G. / Florea, B.I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004819/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
European Research Council (ERC)Synergy Grant 951231-Carbocentre.European Union
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of broad-specificity activity-based probes for exo -beta-mannosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Kuo, C.L. / Beenakker, T.J.M. / Wong, C.S. / Offen, W.A. / Armstrong, Z. / Florea, B.I. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2021年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannosidase
B: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,47964
ポリマ－196,5822
非ポリマー3,89762
水16,214900
1
A: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,15331
ポリマ－98,2911
非ポリマー1,86230
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,32633
ポリマ－98,2911
非ポリマー2,03532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.920, 116.858, 100.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-mannosidase


分子量: 98291.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: beta-mannosidase without signal peptide sequence and with C-terminal hexa-his tag
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_0458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AAK6

-
非ポリマー , 8種, 962分子

#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-JIW / beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine, reacted form / (1~{R},2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-azanyl-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4-tetrol


分子量: 193.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H15NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-JIT / beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine


分子量: 175.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-VKH / (1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol


分子量: 178.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H16NO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: PEG 3350, sodium bromide, MES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→92.19 Å / Num. obs: 119933 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 5880 / CC1/2: 0.535 / Rpim(I) all: 0.522 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JE8

2je8


解像度: 2.05→92.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.387 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 5938 5 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1877 113966 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.93 Å2 / Biso mean: 33.93 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å2-0.1 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→92.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13496 0 199 902 14597
Biso mean--43.43 38.13 -
残基数----1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01314243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01512993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.65219358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2481.57829904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.48251732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20322.439775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.612152278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9251583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023471
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 433 -
Rwork0.271 8330 -
all-8763 -
obs--97.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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