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万見
- PDB-7ok3: Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok3
タイトルCrystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor edaGDP
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードHYDROLASE / GTPase / Ras / KRas / KRasG13C / Nucleotide analogues / edaGDP
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / edaGDP / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Goebel, L. / Mueller, M.P. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RA 1055/5-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GO 284/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Targeting oncogenic KRasG13C with nucleotide-based covalent inhibitors.
著者: Goebel, L. / Kirschner, T. / Koska, S. / Rai, A. / Janning, P. / Maffini, S. / Vatheuer, H. / Czodrowski, P. / Goody, R.S. / Muller, M.P. / Rauh, D.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0192
ポリマ－19,4341
非ポリマー5851
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.400, 73.400, 54.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19433.881 Da / 分子数: 1 / 変異: G13C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-VJ8 / edaGDP / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] ~{N}-[2-(propanoylamino)ethyl]carbamate


分子量: 585.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M (NH4)F, 20 % PEG3350, 67 mg/mL KRasG13C-edaGDP, 0.1 uL reservoir + 0.1 uL protein solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41.243 Å / Num. obs: 22009 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 12.71
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.966 / Num. unique obs: 3625 / CC1/2: 0.801 / Rrim(I) all: 1.016 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OBE

4obe


解像度: 1.6→41.24 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 1101 5 %
Rwork0.158 20908 -
obs0.1601 22009 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.76 Å2 / Biso mean: 27.867 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1364 0 38 187 1589
Biso mean--18.91 36.23 -
残基数----170
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.670.30621360.23325782714
1.67-1.760.25271370.19925992736
1.76-1.870.23451370.181526112748
1.87-2.020.21641370.17625962733
2.02-2.220.22811370.155626122749
2.22-2.540.19211370.157326092746
2.54-3.20.22281390.161826282767
3.2-41.240.16051410.13926752816
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.4797 Å / Origin y: 20.7789 Å / Origin z: 12.1359 Å
111213212223313233
T0.1263 Å2-0.0011 Å2-0.0027 Å2-0.1326 Å2-0.0283 Å2--0.1459 Å2
L2.1922 °20.4538 °2-0.4439 °2-1.8757 °2-0.6742 °2--1.9266 °2
S0.0014 Å °0.0861 Å °-0.1156 Å °-0.0064 Å °0.0277 Å °-0.1759 Å °0.0327 Å °0.1013 Å °-0.0385 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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