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- PDB-7ok1: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok1
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with compound 3
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / FATTY ACIDS / LIPID A / LEFT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain superfamily / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VFN / Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Zahn, M. / Barker, J. / DeJonge, B.L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Novel UDP- N -Acetylglucosamine Acyltransferase (LpxA) Inhibitors with Activity against Pseudomonas aeruginosa .
著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, ...著者: Ryan, M.D. / Parkes, A.L. / Corbett, D. / Dickie, A.P. / Southey, M. / Andersen, O.A. / Stein, D.B. / Barbeau, O.R. / Sanzone, A. / Thommes, P. / Barker, J. / Cain, R. / Compper, C. / Dejob, M. / Dorali, A. / Etheridge, D. / Evans, S. / Faulkner, A. / Gadouleau, E. / Gorman, T. / Haase, D. / Holbrow-Wilshaw, M. / Krulle, T. / Li, X. / Lumley, C. / Mertins, B. / Napier, S. / Odedra, R. / Papadopoulos, K. / Roumpelakis, V. / Spear, K. / Trimby, E. / Williams, J. / Zahn, M. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Soutter, H.T. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Deng, B. / Hunt, A. / Sigel, E.A. / Troast, D.M. / DeJonge, B.L.M.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
B: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
C: Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,44712
ポリマ－84,9933
非ポリマー1,4549
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.046, 166.046, 98.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28331.010 Da / 分子数: 3 / 断片: full-length protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (緑膿菌)
遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-VFN / ~{N}-[(5-azanyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)methyl]-2-(2-chlorophenyl)sulfanyl-~{N}-[(4-cyanophenyl)methyl]ethanamide


分子量: 413.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 1.5 M NH4Cl, 0.1 M Na Acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→84.741 Å / Num. obs: 62977 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.92→2.12 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.132 / Num. unique obs: 3153 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 1.232 / % possible all: 35.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DEM

5dem


解像度: 1.92→27.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3229 5.13 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 62939 62 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.49 Å2 / Biso mean: 44.08 Å2 / Biso min: 17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7124 Å20 Å20 Å2
2---1.7124 Å20 Å2
3---3.4247 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5838 0 90 344 6272
Biso mean--34.01 43.09 -
残基数----765
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2042SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1084HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6069HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion799SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7447SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6069HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8241HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.22
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 55 4.37 %
Rwork0.1919 1204 -
all0.1944 1259 -
obs--8.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33210.5830.12992.1684-0.3340.8976-0.01910.0687-0.0439-0.02810.0369-0.3318-0.04560.1181-0.0178-0.14440.0142-0.0494-0.1145-0.05550.071-24.4426-1.220329.6672
21.32870.0078-0.15142.5651-1.12211.4025-0.0194-0.04030.22570.2426-0.01160.0173-0.2854-0.07910.0309-0.11560.0384-0.0509-0.1487-0.04290.0037-51.654813.311532.1732
31.84490.5886-0.40872.3151-0.52791.2753-0.08170.45080.0292-0.32590.0127-0.0676-0.0707-0.02780.0691-0.16990.0144-0.0408-0.0746-0.0584-0.0574-46.2535-6.74249.2544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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