プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.51→33.64 Å / Num. obs: 23991 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル
解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1319 / CC1/2: 0.999 / % possible all: 73.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0258
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in house structure 解像度: 1.51→33.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.474 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2292
1226
5.118 %
Rwork
0.1953
22728
-
all
0.197
-
-
obs
-
23954
96.043 %
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 25.06 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
1.04 Å2
0 Å2
-0 Å2
2-
-
-1.559 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.519 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.51→33.64 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
905
0
32
169
1106
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.003
0.013
972
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.001
0.017
905
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.157
1.645
1308
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
1.234
1.63
2105
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.858
5
114
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
30.146
22.449
49
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
12.089
15
177
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
14.976
15
5
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.059
0.2
115
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.004
0.02
1067
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.001
0.02
212
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.191
0.2
211
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbd_other
0.172
0.2
771
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.17
0.2
467
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbtor_other
0.08
0.2
352
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.28
0.2
122
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbd_refined
0.088
0.2
3
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.144
0.2
32
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_xyhbond_nbd_refined
0.11
0.2
16
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.63
3.122
447
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_other
1.602
3.107
446
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
2.668
6.981
558
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_other
2.67
7.005
559
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
2.066
3.452
524
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_other
2.065
3.45
525
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
3.433
7.548
748
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_other
3.431
7.546
749
X-RAY DIFFRACTION
r_lrange_it
5.438
29.38
1208
X-RAY DIFFRACTION
r_lrange_other
5.436
29.378
1209
LS精密化 シェル
Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20