PDB-7odj: Exo-mannosidase from Cellvibrio mixtus bound to N-alkyl mannocycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7odj

タイトル

Exo-mannosidase from Cellvibrio mixtus bound to N-alkyl mannocyclophellitol aziridine

要素

Man5A

キーワード

HYDROLASE / Mannosidase / covalent inhibitor / cyclophellitol / cellvibrio

機能・相同性

機能・相同性情報

mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cellvibrio mixtus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of broad-specificity activity-based probes for exo -beta-mannosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Kuo, C.L. / Beenakker, T.J.M. / Wong, C.S. / Offen, W.A. / Armstrong, Z. / Florea, B.I. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J.

履歴

登録	2021年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7odj.cif.gz	329.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7odj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7odj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omiC 7omsC 7op6C 7op7C 1uuqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uuq-d 1uz4-d 3gt5-d 3ckz-d 7s43-1 2ibo-d 1jdw-d 2htw-d 6sud-1 7jdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Man5A

ヘテロ分子

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.815, 102.230, 50.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Man5A 分子量: 50230.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellvibrio mixtus (バクテリア) / 遺伝子: man5A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QT42
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-VEE / (1R,2S,3R,4S,5R,6R)-5-(8-azidooctylamino)-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4-tetrol / N-alkyl mannocyclophellitol aziridine 分子量: 330.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 24% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97629 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→68.403 Å / Num. obs: 116329 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 21.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
7.12-68.31	24.4	0.041	844	0.999	0.011	0.043	99.8
1.3-1.32	4.8	0.8	4839	0.631	0.586	0.998	84.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UUQ

1uuq

解像度: 1.3→68.403 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.357 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1577	5818	5.004 %
R_work	0.1246	110442	-
all	0.126	-	-
obs	-	116260	98.636 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.399 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.962 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.436 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→68.403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	44	424	3760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.917	1.642	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.623	1.58	7558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.245	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.852	23.255	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.442	15	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.457	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.089	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.075	1.433	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.848	1.43	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.293	2.159	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.301	2.163	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.427	1.699	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.426	1.699	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.918	2.468	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.917	2.468	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.57	17.938	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.436	17.318	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.168	3	6896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.26	379	0.234	6972	X-RAY DIFFRACTION	84.8453
1.334-1.37	0.221	386	0.196	7731	X-RAY DIFFRACTION	96.9773
1.37-1.41	0.201	412	0.158	7794	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.453	0.166	404	0.121	7510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.453-1.501	0.144	391	0.099	7322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.501-1.554	0.138	371	0.092	7084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.554-1.612	0.133	355	0.083	6848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.678	0.143	353	0.082	6609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.753	0.117	312	0.081	6346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.753-1.838	0.13	339	0.085	6035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.938	0.148	320	0.099	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.938-2.055	0.154	291	0.119	5479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.197	0.165	272	0.118	5153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.373	0.138	250	0.108	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.599	0.135	210	0.107	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.906	0.143	224	0.122	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.355	0.163	194	0.145	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.355-4.108	0.159	156	0.145	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
4.108-5.805	0.164	124	0.137	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
5.805-68.403	0.241	75	0.203	1416	X-RAY DIFFRACTION	99.866

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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