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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibo
タイトルX-ray Crystal Structure of Protein SP2199 from Streptococcus pneumoniae. Northeast Structural Genomics Consortium Target SpR31
要素Hypothetical protein SP2199
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Thiamine-binding protein / : / Thiamine-binding protein / Alpha-Beta Plaits - #930 / MTH1187/YkoF-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine-binding protein domain-containing protein / Thiamine_BP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein SP2199 from Streptococcus pneumoniae, Northeast structural genomics target SpR31
著者: Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Shastry, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein SP2199
B: Hypothetical protein SP2199
C: Hypothetical protein SP2199
D: Hypothetical protein SP2199


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7534
ポリマ－47,7534
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.901, 91.901, 156.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein SP2199


分子量: 11938.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: TIGR4, ATCC BAA-334 / 遺伝子: SP_2199 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q97N67, UniProt: A0A0H2USK2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, 18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915, 0.97942, 0.96783
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979151
20.979421
30.967831
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 31269 / Num. obs: 30208 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / Num. unique all: 3482 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 65805.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1535 5.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.246 31269 --
obs0.243 30208 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.4838 Å2 / ksol: 0.355786 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.59 Å20 Å20 Å2
2--4.59 Å20 Å2
3----9.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 0 109 2909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 232 4.9 %
Rwork0.316 4543 -
obs-3497 90.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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