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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oci | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransferase complex | ||||||
要素 | (Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 9 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / N-glycosylation / Yeast / Complex / Endoplasmic reticulum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / : / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity ...Miscellaneous transport and binding events / : / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / nuclear envelope / protein-macromolecule adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||
データ登録者 | Wild, R. / Neuhaus, J.D. / Eyring, J. / Irobalieva, R.N. / Kowal, J. / Lin, C.W. / Locher, K.P. / Aebi, M. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021 タイトル: Functional analysis of Ost3p and Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferases. 要旨: The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The ...The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The yeast OST consists of eight subunits and exists in two catalytically distinct isoforms that differ in one subunit, Ost3p or Ost6p. The cryo-electron microscopy structure of the Ost6p containing complex was found to be highly similar to the Ost3p containing OST. OST enzymes with altered Ost3p/Ost6p subunits were generated and functionally analyzed. The three C-terminal transmembrane helices were responsible for the higher turnover-rate of the Ost3p vs. the Ost6p containing enzyme in vitro and the more severe hypoglycosylation in Ost3p lacking strains in vivo. Glycosylation of specific OST target sites required the N-terminal thioredoxin domain of Ost3p or Ost6p. This Ost3p/Ost6p dependence was glycosylation site but not protein specific. We concluded that the Ost3p/Ost6p subunits modulate the catalytic activity of OST and provide additional specificity for OST substrate recognition. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oci.cif.gz | 391.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oci.ent.gz | 320.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oci_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oci_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oci_validation.xml.gz | 66.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oci_validation.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 54116.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P41543, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14712.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P46964, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#3: タンパク質 | 分子量: 37921.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q03723 |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3986.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q99380, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#5: タンパク質 | 分子量: 9525.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q92316, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#6: タンパク質 | 分子量: 81604.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P39007, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#7: タンパク質 | 分子量: 49444.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P33767, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#8: タンパク質 | 分子量: 31682.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q02795, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: alpha-helix modelled as poly-UNK 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
-糖 , 3種, 5分子
#10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#11: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#13: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 10分子
#12: 化合物 | ChemComp-PEE / #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-MG / | #16: 化合物 | ChemComp-V8K / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#9 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 2.7 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220536 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6EZN | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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