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万見
- PDB-7o7t: Structure of the PL6 family alginate lyase Patl3640 from Pseudoal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o7t
タイトルStructure of the PL6 family alginate lyase Patl3640 from Pseudoalteromonas atlantica T6c in complex with 4-deoxy-L-erythro-5-hexoseulose uronic acid
要素Poly(Beta-D-mannuronate) lyase
キーワードLYASE / beta helix / complex
機能・相同性PL-6 family / Chondroitinase B / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 4-deoxy-L-erythro-hex-5-ulosuronic acid / Poly(Beta-D-mannuronate) lyase
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas atlantica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ballut, L. / Violot, S. / Carrique, L. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Exploring molecular determinants of polysaccharide lyase family 6-1 enzyme activity.
著者: Violot, S. / Galisson, F. / Carrique, L. / Jugnarain, V. / Conchou, L. / Robert, X. / Thureau, A. / Helbert, W. / Aghajari, N. / Ballut, L.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(Beta-D-mannuronate) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3056
ポリマ－78,8201
非ポリマー4845
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS and gel filtration supports a dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.232, 78.232, 266.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Poly(Beta-D-mannuronate) lyase


分子量: 78820.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas atlantica (strain T6c / ATCC BAA-1087) (バクテリア)
株: T6c / ATCC BAA-1087 / 遺伝子: Patl_3640 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q15PP6, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 化合物 ChemComp-V4W / 4-deoxy-L-erythro-hex-5-ulosuronic acid / (4S,5S)-4,5-bis(oxidanyl)-2,6-bis(oxidanylidene)hexanoic acid / (4S,5S)-4,5-Dihydroxy-2,6-dioxohexanoic acid / 4-deoxy-L-erythro-5-hexoseulose uronic acid / 440352 / 4,5-ジデオキシ-5-オキソ-L-gulo-ヘキスロン酸


分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Mg acetate, 0.1 M Na nitrate, 8% (w/v) PEG 10000, 0.15 mM CYMAL-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.53 Å / Num. obs: 60589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / Num. unique obs: 9328 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Patl3640 (PDB ID 7O77)

7o77


解像度: 2.05→47.53 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 3007 4.97 %RANDOM
Rwork0.2091 57489 --
obs0.2108 60496 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.13 Å2 / Biso mean: 54.6482 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5398 0 32 261 5691
Biso mean--62.62 57.1 -
残基数----716
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.080.40821210.36172629275098
2.08-2.120.34681300.314227692899100
2.12-2.160.36911670.315326312798100
2.16-2.20.32551230.306827352858100
2.2-2.240.33211560.292726752831100
2.24-2.290.30741430.272127082851100
2.29-2.350.27151740.249926432817100
2.35-2.410.26621540.23326862840100
2.41-2.470.25211070.236627522859100
2.47-2.540.27691460.232727132859100
2.54-2.630.25861410.21327172858100
2.63-2.720.26591390.208627232862100
2.72-2.830.25081410.205127082849100
2.83-2.960.24951390.219927312870100
2.96-3.110.25971580.215327282886100
3.11-3.310.23141430.206427472890100
3.31-3.560.24451360.196927982934100
3.56-3.920.23251450.197227742919100
3.92-4.490.18941320.175827842916100
4.49-5.650.22921710.180428282999100
5.65-47.530.23831410.21530103151100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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