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万見
- PDB-7nb9: E. coli NfsA with nitrofurantoin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nb9
タイトルE. coli NfsA with nitrofurantoin
要素Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex with Antibiotic substrate / flavoprotein / nitroreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


chromate reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-U6Z / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Day, M.D. / Jarrom, D. / Grainger, A.I. / Parr, R.J. / Hyde, E.I. / White, S.A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: The structures of E. coli NfsA bound to the antibiotic nitrofurantoin; to 1,4-benzoquinone and to FMN.
著者: Day, M.A. / Jarrom, D. / Christofferson, A.J. / Graziano, A.E. / Anderson, J.L.R. / Searle, P.F. / Hyde, E.I. / White, S.A.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6054
ポリマ－26,8331
非ポリマー7733
水5,350297
1
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子

A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2118
ポリマ－53,6652
非ポリマー1,5456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.396, 51.857, 64.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

21A-693-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase / Modulator of drug activity A


分子量: 26832.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: nfsA, mda18, mdaA, ybjB, b0851, JW0835 / プラスミド: pPS1341A1 / 詳細 (発現宿主): pET24 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17117, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-U6Z / 1-[(~{E})-(5-nitrofuran-2-yl)methylideneamino]imidazolidine-2,4-dione / Nitrofurantoin


分子量: 238.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM imidazole pH 7, 20-26 % PEG 3,000, 3.5 mM nitrofurantoin, 20% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→45.69 Å / Num. obs: 83276 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.09→1.15 Å / 冗長度: 2.33 % / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Num. unique obs: 9425 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 64.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F5V

1f5v


解像度: 1.09→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.837 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1255 4153 5 %RANDOM
Rwork0.1043 ---
obs0.1054 79095 92.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.45 Å2 / Biso mean: 16.984 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20.59 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.09→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 52 312 2251
Biso mean--13.12 31.45 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0142145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0171902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.6852948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1751.6474482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89121.583120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05915363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6821519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.08134045
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.4315204
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.65254115
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.119 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 157 -
Rwork0.179 3497 -
all-3654 -
obs--54.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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