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- PDB-7mrd: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrd
タイトルCrystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to GXH-II-082
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードGENE REGULATION / BRDT / BRD / BET / contraceptive / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / localization / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / localization / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZMV / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Chan, A. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1U54HD093540 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity.
著者: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0773
ポリマ－26,6392
非ポリマー1,4381
水4,756264
1
A: Bromodomain testis-specific protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3191
ポリマ－13,3191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7582
ポリマ－13,3191
非ポリマー1,4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.850, 63.170, 112.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物 ChemComp-ZMV / N,N'-[(1,16-dioxo-4,7,10,13-tetraoxahexadecane-1,16-diyl)di(piperidine-1,4-diyl)]bis{4-[(4-{4-chloro-3-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]anilino}-5-methylpyrimidin-2-yl)amino]-2-fluorobenzamide}


分子量: 1438.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C66H84Cl2F2N14O12S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→56.3 Å / Num. obs: 50695 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.971 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 11.23 / Num. measured all: 657586 / Scaling rejects: 427
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.39-1.4313.6532.709150229370836790.3992.81499.2
1.43-1.4713.5062.1811.2848542362035940.4342.26699.3
1.47-1.5113.3131.7121.7247048354535340.5851.78199.7
1.51-1.5513.1481.3982.1444386339933760.6791.45699.3
1.55-1.6112.5921.162.7241567332833010.7611.2199.2
1.61-1.6611.6160.8943.4637380325132180.8590.93699
1.66-1.7213.3250.7444.840842308530650.9240.77499.4
1.72-1.7913.5680.5327.0440488299929840.9690.55299.5
1.79-1.8713.5290.4398.3438639287628560.9820.45699.3
1.87-1.9713.4070.3310.9937125277427690.9890.34399.8
1.97-2.0713.1790.25713.9734450262126140.9910.26899.7
2.07-2.212.7450.18517.1431723249824890.9940.19399.6
2.2-2.3511.7680.14319.6627608236623460.9940.1599.2
2.35-2.5413.7360.12123.5630013218921850.9950.12699.8
2.54-2.7813.420.09926.5127230203120290.9960.10399.9
2.78-3.1112.9010.08728.5223815184718460.9970.0999.9
3.11-3.5912.2470.07431.0120294165716570.9980.077100
3.59-4.410.8990.06531.414997140813760.9970.06897.7
4.4-6.2212.4030.05734.0913805111411130.9980.0699.9
6.22-56.311.1520.05232.7674056706640.9980.05599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1-2575_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KCX

4kcx


解像度: 1.39→56.3 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 1197 2.36 %
Rwork0.201 49496 -
obs0.2015 50693 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.38 Å2 / Biso mean: 25.2296 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→56.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 98 264 2212
Biso mean--24.41 31.2 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9912708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.515765
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.39-1.44560.35771310.3466540899
1.4456-1.51140.32291310.3047540899
1.5114-1.5910.28871310.2662543699
1.591-1.69070.2451300.2405538299
1.6907-1.82130.25351330.2137548399
1.8213-2.00460.24171320.19515487100
2.0046-2.29460.20441330.1824550599
2.2946-2.8910.21351360.19985603100
2.891-56.30.19751400.1831578499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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