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- PDB-7mjf: Crystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mjf
タイトルCrystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / dihydrodipicolinate / Liberibacter
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4R)-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-heptanedioic acid / (4S)-4-hydroxy-2-oxoheptanedioic acid / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gilkes, J. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Candidatus Liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
著者: Gilkes, J. / Frampton, R.A. / Board, A.J. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,48518
ポリマ－191,2036
非ポリマー2,28212
水16,159897
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4956
ポリマ－63,7342
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4956
ポリマ－63,7342
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
3
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4956
ポリマ－63,7342
非ポリマー7614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.101, 132.881, 155.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 31867.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア)
遺伝子: dapA, DJ66_0589 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F4VK59, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-E8U / (4R)-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-heptanedioic acid / HTPA synthase


分子量: 190.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H10O6 / 詳細: Succinic acid in 2 stereochemistry conformations / 参照: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#3: 化合物
ChemComp-ZGM / (4S)-4-hydroxy-2-oxoheptanedioic acid / HTPA synthase


分子量: 190.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H10O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.925→45.812 Å / Num. obs: 195500 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 8.32
反射 シェル解像度: 1.93→1.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7LOY

7loy


解像度: 2.2→45.1 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 9815 5.02 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.158 195500 96.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13404 0 144 897 14445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91618654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0739299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.33083470.26236105X-RAY DIFFRACTION98
2.225-2.25120.2913160.24496353X-RAY DIFFRACTION97
2.2512-2.27870.29253190.23026067X-RAY DIFFRACTION96
2.2787-2.30750.29263330.21746233X-RAY DIFFRACTION97
2.3075-2.33790.27653460.21096279X-RAY DIFFRACTION99
2.3379-2.36990.26353540.20686311X-RAY DIFFRACTION98
2.3699-2.40370.27372940.20176150X-RAY DIFFRACTION97
2.4037-2.43960.26313870.1976214X-RAY DIFFRACTION98
2.4396-2.47770.23343130.18456374X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.51840.24083820.1836338X-RAY DIFFRACTION99
2.5184-2.56180.22833460.17936180X-RAY DIFFRACTION99
2.5618-2.60840.27532840.17466491X-RAY DIFFRACTION99
2.6084-2.65850.24153120.17676328X-RAY DIFFRACTION99
2.6585-2.71280.2343400.17516307X-RAY DIFFRACTION99
2.7128-2.77180.28913230.18596335X-RAY DIFFRACTION99
2.7718-2.83620.28063480.1876196X-RAY DIFFRACTION98
2.8362-2.90710.21223440.16236280X-RAY DIFFRACTION98
2.9071-2.98570.26893330.17676308X-RAY DIFFRACTION98
2.9857-3.07360.22713130.17686161X-RAY DIFFRACTION97
3.0736-3.17270.25263520.18676111X-RAY DIFFRACTION96
3.1727-3.28610.22163250.185960X-RAY DIFFRACTION94
3.2861-3.41760.20452930.15966107X-RAY DIFFRACTION95
3.4176-3.57310.18642930.15886004X-RAY DIFFRACTION93
3.5731-3.76140.19673300.14796055X-RAY DIFFRACTION95
3.7614-3.99690.17763230.13116098X-RAY DIFFRACTION95
3.9969-4.30530.14673110.11195982X-RAY DIFFRACTION94
4.3053-4.73820.15653370.10676077X-RAY DIFFRACTION95
4.7382-5.42280.17393230.12016000X-RAY DIFFRACTION94
5.4228-6.82830.17853180.14156060X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4676 Å / Origin y: -2.3157 Å / Origin z: 42.7004 Å
111213212223313233
T0.2544 Å20.02 Å2-0.0487 Å2-0.2663 Å20.0106 Å2--0.3151 Å2
L0.1982 °2-0.0206 °20.2058 °2-0.0843 °2-0.073 °2--0.8215 °2
S-0.0344 Å °0.1057 Å °0.0436 Å °-0.0642 Å °-0.029 Å °0.0749 Å °-0.0818 Å °-0.0287 Å °0.0575 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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