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- PDB-7m8v: Human CYP11B2 in complex with LCI699 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m8v
タイトルHuman CYP11B2 in complex with LCI699
要素Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldosterone synthase / CYP11B2
機能・相同性
機能・相同性情報


corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / potassium ion homeostasis / steroid hydroxylase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / renal water homeostasis / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / : / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-YSY / Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Scott, E.E. / Brixius-Anderko, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association19POST34430199 米国
引用ジャーナル: Hypertension / 年: 2021
タイトル: Aldosterone Synthase Structure With Cushing Disease Drug LCI699 Highlights Avenues for Selective CYP11B Drug Design.
著者: Brixius-Anderko, S. / Scott, E.E.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)678,50836
ポリマ－668,38312
非ポリマー10,12524
水1086
1
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5423
ポリマ－55,6991
非ポリマー8442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.946, 126.423, 174.928
Angle α, β, γ (deg.)82.807, 70.033, 79.369
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 11B2, mitochondrial / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Corticosterone 18- ...Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Corticosterone 18-monooxygenase / CYP11B2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 11-beta-hydroxylase / Steroid 18-hydroxylase


分子量: 55698.598 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B2 / プラスミド: pCWori+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P19099, corticosterone 18-monooxygenase, steroid 11beta-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-YSY / 4-[(4R,5R)-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-5-yl]-3-fluorobenzonitrile / Osilodrostat


分子量: 227.237 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10FN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5) 4% PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→38 Å / Num. obs: 164951 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.07→3.12 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8467 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.62 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDH

4fdh


解像度: 3.08→37.95 Å / SU ML: 0.3583 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.6493
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 2005 1.39 %
Rwork0.2018 142189 -
obs0.2023 144194 79.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→37.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45109 0 720 6 45835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00447126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.624264102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03736938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00388141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.545117425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.08-3.160.3604590.32234043X-RAY DIFFRACTION31.77
3.16-3.240.318900.29016412X-RAY DIFFRACTION50.42
3.24-3.340.31651070.27417644X-RAY DIFFRACTION60.11
3.34-3.450.29741210.25598995X-RAY DIFFRACTION70.66
3.45-3.570.29491540.250110349X-RAY DIFFRACTION81.64
3.57-3.710.28531670.242811806X-RAY DIFFRACTION92.47
3.71-3.880.25811680.21511912X-RAY DIFFRACTION93.78
3.88-4.090.23921700.204811873X-RAY DIFFRACTION93.33
4.09-4.340.21551660.183111768X-RAY DIFFRACTION92.6
4.34-4.680.21361680.171111441X-RAY DIFFRACTION90.04
4.68-5.150.20521420.179611066X-RAY DIFFRACTION86.76
5.15-5.890.20641440.19739888X-RAY DIFFRACTION77.76
5.89-7.410.28251790.211112617X-RAY DIFFRACTION99.19
7.41-37.950.20531700.162112375X-RAY DIFFRACTION97.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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