PDB-7lpp: Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lpp

タイトル

Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 with hit 1

要素

Cytoplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosteryl 3-beta-D-glucoside catabolic process / steryl-beta-glucosidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 AI125770	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R35GM128666	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure and inhibition of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase to develop antifungal agents.
著者: Pereira de Sa, N. / Taouil, A. / Kim, J. / Clement, T. / Hoffmann, R.M. / Burke, J.E. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.

履歴

登録	2021年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lpp.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lpp.ent.gz	942.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lpp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lpp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7lpp_validation.xml.gz	106.1 KB	表示
CIF形式データ	7lpp_validation.cif.gz	146.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lpoC 7lpqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lpq-2 7lpo-2 7lpo-4 7lpq-3 6bsv-d 7lpo-3 7lpp-3 7lpo-1 6pdl-4 4faa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytoplasmic protein

B: Cytoplasmic protein

C: Cytoplasmic protein

D: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

359 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.100, 133.161, 129.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytoplasmic protein 分子量: 89198.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05607 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: J9W473
#2: 化合物	ChemComp-YAG / 4-(hydroxymethyl)-1-[[2-(3-methoxyphenyl)-1,3-thiazol-5-yl]methyl]piperidin-4-ol 分子量: 334.433 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, MgCl2, Tris 7.5, hit 1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→65.49 Å / Num. obs: 77245 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.975 / R_merge(I) obs: 0.334 / R_pim(I) all: 0.135 / R_rim(I) all: 0.361 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.91	7.2	1.752	1.5	4537	0.625	0.697	1.887	1.06	99.4
14.25-65.49	6.7	0.082	9.3	642	0.988	0.035	0.09	0.39	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
Aimless		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.85→58.12 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	3413	4.56 %
R_work	0.1909	71479	-
obs	0.1933	74892	96.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.13 Å² / B_iso mean: 41.4864 Å² / B_iso min: 3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.85→58.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23068	0	117	710	23895
B_iso mean	-	-	56.38	31.31	-
残基数	-	-	-	-	2907

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.85-2.89	0.3174	120	0.283	2819	2939	91
2.89-2.93	0.3875	122	0.2698	2776	2898	92
2.93-2.98	0.3482	108	0.2597	2867	2975	92
2.98-3.03	0.3173	126	0.2587	2862	2988	93
3.03-3.08	0.3695	153	0.2414	2846	2999	93
3.08-3.14	0.3078	134	0.2393	2877	3011	94
3.14-3.2	0.3186	111	0.2205	2939	3050	95
3.2-3.26	0.2788	140	0.217	2951	3091	95
3.26-3.33	0.3035	131	0.22	2931	3062	96
3.33-3.41	0.2739	132	0.2029	2968	3100	96
3.41-3.5	0.2465	144	0.1908	2996	3140	97
3.5-3.59	0.2516	147	0.1824	2987	3134	97
3.59-3.7	0.2169	152	0.1738	2992	3144	98
3.7-3.82	0.2318	164	0.1752	2998	3162	98
3.82-3.95	0.2032	152	0.174	3043	3195	99
3.95-4.11	0.2116	155	0.1518	3045	3200	99
4.11-4.3	0.2062	150	0.143	3047	3197	99
4.3-4.52	0.1838	149	0.1354	3021	3170	99
4.52-4.81	0.19	180	0.1416	3045	3225	99
4.81-5.18	0.2011	146	0.1582	3111	3257	99
5.18-5.7	0.2288	150	0.1841	3049	3199	99
5.7-6.52	0.2247	129	0.2041	3099	3228	99
6.52-8.21	0.2506	146	0.2081	3111	3257	100
8.21-58.12	0.219	172	0.2148	3099	3271	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 38.9164 Å / Origin y: -0.7702 Å / Origin z: 98.9997 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0551 Å²	-0.0173 Å²	0.0096 Å²	-	0.0315 Å²	0.026 Å²	-	-	0.0517 Å²
L	0.1122 °²	-0.0198 °²	0.1188 °²	-	-0.0039 °²	-0.0124 °²	-	-	0.0067 °²
S	-0.0128 Å °	-0.0121 Å °	0.0533 Å °	0.0107 Å °	0.0121 Å °	-0.0089 Å °	-0.0034 Å °	0.0346 Å °	0.0069 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 901
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1001
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 831
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	901 - 1101
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4 - 901
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	5 - 901
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1001
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 763
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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