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- PDB-7lnm: Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactiva... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lnm | ||||||
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Title | Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactivator - (1S,3S)-3-amino-4-(difluoromethylene)cyclopentene-1-carboxylic acid | ||||||
![]() | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | ||||||
![]() | TRANSFERASE/Inactivator / Ornithine Aminotransferase / OAT / aminotransferase / inactivator / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inactivator complex | ||||||
Function / homology | ![]() arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Butrin, A. / Catlin, D. / Zhu, W. / Liu, D. / Silverman, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Remarkable and Unexpected Mechanism for ( S )-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclohex-1-ene-1-carboxylic Acid as a Selective Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase. Authors: Zhu, W. / Doubleday, P.F. / Butrin, A. / Weerawarna, P.M. / Melani, R.D. / Catlin, D.S. / Dwight, T.A. / Liu, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 976.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 818.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lomC ![]() 7lonC ![]() 1oatS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44860.320 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-Y7S / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed ...Details: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed with equal volume of well solution and 0.5 ul of 10 mM compound. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 12% PEG 8000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM Tricine pH 7.8. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→68.56 Å / Num. obs: 190270 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 749788 / Scaling rejects: 842 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OAT Resolution: 2→36.48 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 19.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→36.48 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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