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- PDB-7kxt: Crystal structure of human EED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kxt
タイトルCrystal structure of human EED
要素Polycomb protein EED
キーワードGENE REGULATION / EED / WD40 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XB7 / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhu, L. / Dong, A. / Du, D. / Liu, Y. / Luo, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Development of Small-Molecule PRC2 Inhibitors Targeting EZH2-EED Interaction.
著者: Du, D. / Xu, D. / Zhu, L. / Stazi, G. / Zwergel, C. / Liu, Y. / Luo, Z. / Li, Y. / Zhang, Y. / Zhu, K. / Ding, Y. / Liu, J. / Fan, S. / Zhao, K. / Zhang, N. / Kong, X. / Jiang, H. / Chen, K. ...著者: Du, D. / Xu, D. / Zhu, L. / Stazi, G. / Zwergel, C. / Liu, Y. / Luo, Z. / Li, Y. / Zhang, Y. / Zhu, K. / Ding, Y. / Liu, J. / Fan, S. / Zhao, K. / Zhang, N. / Kong, X. / Jiang, H. / Chen, K. / Zhao, K. / Valente, S. / Min, J. / Duan, W. / Luo, C.
履歴
登録2020年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,23456
ポリマ－92,3172
非ポリマー91754
水1,76598
1
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,61729
ポリマ－46,1581
非ポリマー45928
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,61727
ポリマ－46,1581
非ポリマー45926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.470, 49.940, 105.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...
21(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRSERSER(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...AA80 - 8141 - 42
12LYSLYSARGARG(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...AA77 - 44138 - 402
13LYSLYSARGARG(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...AA77 - 44138 - 402
14LYSLYSARGARG(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...AA77 - 44138 - 402
15LYSLYSARGARG(chain A and ((resid 80 through 81 and (name N...AA77 - 44138 - 402
21TYRTYRSERSER(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...BB80 - 8141 - 42
22TYRTYRLEULEU(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...BB80 - 44041 - 401
23TYRTYRLEULEU(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...BB80 - 44041 - 401
24TYRTYRLEULEU(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...BB80 - 44041 - 401
25TYRTYRLEULEU(chain B and ((resid 80 through 81 and (name N...BB80 - 44041 - 401

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 46158.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pET28GST-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-XB7 / 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine / アステミゾ-ル


分子量: 458.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31FN4O
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 52 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.5M Sodium Formate, 0.1M TrisCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.392 Å / Num. obs: 44346 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.213.10.813966031220.5030.5410.9821.494.6
9.62-40.392.90.03515685330.9960.0240.04324.196.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JZN

3jzn


解像度: 2.15→40.39 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 2165 4.88 %
Rwork0.178 42169 -
obs0.1798 44334 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.34 Å2 / Biso mean: 40.7572 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5682 0 120 98 5900
Biso mean--43.74 35.88 -
残基数----724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9328212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7913571
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3222X-RAY DIFFRACTION5.038TORSIONAL
12B3222X-RAY DIFFRACTION5.038TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.20.32361460.2797263994
2.2-2.2550.29781480.2452280699
2.255-2.3160.27341630.23862776100
2.316-2.38420.26491360.2345285499
2.3842-2.46110.27891480.2249277999
2.4611-2.5490.27621610.2138271797
2.549-2.65110.26541520.2071282899
2.6511-2.77170.28131280.2115284299
2.7717-2.91780.21871470.184281999
2.9178-3.10060.22171270.1796281298
3.1006-3.33980.21681570.1652276598
3.3398-3.67570.18771340.1594286199
3.6757-4.20720.17751390.1429283499
4.2072-5.29870.1481370.1324289199
5.2987-40.390.21291420.19294699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97890.01250.39851.43640.27371.4181-0.01160.13770.07190.0341-0.0074-0.2835-0.04930.37080.00370.1815-0.0257-0.00960.25310.03440.2285-9.414-5.764-44.189
21.3465-0.519-0.26581.4050.04140.9438-0.0072-0.1810.03460.0783-0.009-0.2256-0.00780.2050.01920.1942-0.0112-0.01020.20460.0190.2024-22.332-15.4292.952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 77:441 )A77 - 441
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 80:440 )B80 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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