PDB-7kno: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kno

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99)

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99)
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Fox III, D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kno.cif.gz	957.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kno.ent.gz	655.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kno_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kno_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7kno_validation.xml.gz	83.9 KB	表示
CIF形式データ	7kno_validation.cif.gz	128.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7kno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7kno	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ifiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k85-d 7l4g-d 5ifi-d 7knp-d 5u29-d 3v4x-d 5xmj-1 5m1b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CrneC.00629.a.FS11

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

235 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.690, 184.700, 84.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.869, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: Crnec.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-WTA / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / 5′-アデニル酸エチル分子量: 375.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 6.2, 200mM NaCl 13.18% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at ...詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 6.2, 200mM NaCl 13.18% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10mg/ml + ethyl-AMP + AcCoA: tray 317932 c7: cryo: 20% EG + compounds: puck: fgi6-9

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 6.2, 200mM NaCl 13.18% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月24日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 205272 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.78 % / B_iso Wilson estimate: 32.568 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.928 / Net I/σ(I): 15.12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	3.627	0.515	2.31	15138	0.849	0.605	99.9
1.85-1.9	3.794	0.412	2.99	14811	0.902	0.48	99.9
1.9-1.95	3.797	0.32	3.89	14342	0.933	0.373	99.9
1.95-2.01	3.806	0.262	4.77	14023	0.951	0.305	99.9
2.01-2.08	3.807	0.206	6.05	13547	0.968	0.24	99.9
2.08-2.15	3.818	0.163	7.5	13045	0.979	0.19	99.9
2.15-2.23	3.819	0.126	9.6	12643	0.986	0.146	99.9
2.23-2.32	3.813	0.106	11.28	12165	0.989	0.124	99.8
2.32-2.43	3.817	0.087	13.43	11703	0.993	0.102	99.8
2.43-2.55	3.813	0.074	15.57	11097	0.994	0.086	99.9
2.55-2.68	3.805	0.063	18.14	10653	0.995	0.073	99.9
2.68-2.85	3.792	0.053	21.03	9998	0.997	0.062	99.8
2.85-3.04	3.772	0.044	24.47	9451	0.997	0.052	99.8
3.04-3.29	3.757	0.038	28.84	8784	0.998	0.044	99.8
3.29-3.6	3.747	0.033	32.82	8051	0.998	0.038	99.7
3.6-4.02	3.747	0.03	35.74	7337	0.998	0.035	99.7
4.02-4.65	3.762	0.029	38.25	6437	0.998	0.034	99.8
4.65-5.69	3.773	0.029	38.79	5486	0.998	0.033	99.9
5.69-8.05	3.775	0.03	38.88	4232	0.998	0.035	99.8
8.05-50	3.565	0.03	40.58	2329	0.998	0.036	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4 4035	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 5ifi

5ifi

解像度: 1.8→46.94 Å / SU ML: 0.2077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.426
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1898	2070	1.01 %	0
R_work	0.1637	203120	-	-
obs	0.164	205190	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14797	0	132	1735	16664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	15549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9141	21254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0615	2307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0095	2752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8185	5590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.2925	157	0.2711	13466	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.84-1.89	0.2532	148	0.2341	13511	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.89-1.94	0.2269	154	0.2054	13445	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.94-2	0.2187	167	0.1904	13538	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2-2.06	0.2198	131	0.1863	13556	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.06-2.13	0.2304	132	0.1873	13563	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.13-2.22	0.2337	143	0.1739	13543	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.22-2.32	0.2086	102	0.17	13492	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.32-2.44	0.2132	120	0.1704	13589	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.44-2.6	0.2284	123	0.1686	13567	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.6-2.8	0.1878	119	0.1709	13561	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.8-3.08	0.2458	114	0.1686	13541	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.08-3.52	0.17	143	0.1548	13559	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.52-4.44	0.1586	154	0.1341	13570	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.44-46.94	0.1483	163	0.1452	13619	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.937373726407	-0.478078624041	0.248499462049	0.863713732196	-0.559128648871	0.630772654297	0.0255159488731	-0.0367665856203	-0.107398282081	-0.130244561729	0.20581843672	0.437770316644	0.11921968727	-0.235870150005	-0.145806611412	0.154181119463	-0.0352667576894	-0.027415674363	0.275024119505	0.0782474755527	0.294296311016	-20.6785337477	3.16495980867	-8.38998995232
2	0.938267073646	-0.654801501539	0.465234729308	1.64215770985	-0.879404719645	1.06926095381	0.183571151393	0.167008101029	-0.159217955768	-0.500509635343	0.0110884756226	0.223829188435	0.390167634342	0.0282593219546	-0.130136082414	0.269907123675	-0.00864277447757	-0.0469712476881	0.206184475272	-0.0216581363344	0.174176317881	-8.48033983511	-7.67361428003	-17.4011025237
3	0.947898605201	0.261196784473	0.288410211494	2.017501258	-0.332773574914	1.48971821319	-0.0130818977286	0.0292451241491	0.06077002632	-0.264058453511	0.0850550990553	0.263329395044	-0.0276075729337	-0.115562542768	-0.0669450530244	0.136336724958	-0.0070855538606	0.0018835563375	0.198494364269	0.0365899943083	0.197930452211	-17.3841150089	17.2870503027	-22.7072513962
4	2.12817911847	0.609088044324	0.643536594873	1.06792654287	1.74162674359	2.91399188783	0.0205179127881	0.484435437152	-0.105523626179	-0.921450960201	0.211892687367	0.231925878058	0.0923949915699	-0.0795276273815	-0.200818538568	0.792265838956	-0.0698623509175	-0.270396383923	0.420017136739	0.033883639476	0.383765346994	-22.7940048708	5.69955693627	-46.8315315069
5	5.80420438142	-0.522950810268	3.54722044208	3.36201089592	-0.973041426947	2.77508778798	0.0385639891194	0.470591374196	-0.345609283599	-0.651460952874	-0.050085310559	-0.405440056448	0.832528414317	0.521874063156	-0.0670097492444	0.687271964537	0.0552847384787	0.0155759719036	0.506283201344	-0.0187133971671	0.351039784544	-6.87232282225	2.0371233721	-40.8033519266
6	0.654225168357	-0.347485261938	0.356019961514	1.88382635094	-0.609717322846	0.690725290923	-0.145468630918	-0.103652385566	0.0108661235912	0.473674875278	0.147808412814	-0.0306055418713	-0.127148643993	-0.0763356474821	3.23205696739E-5	0.257160555732	0.0665612613415	0.0171561166246	0.204194076793	-0.0262057292521	0.0991800740935	12.7871903037	-20.4267642389	23.3644557837
7	2.01485019073	0.189841974725	0.183552386939	4.03197768966	-0.369908861294	2.0783688594	-0.0872123949715	0.11623506785	0.00876685897017	0.00741611103265	0.0783104533099	-0.768618577437	-0.231290368668	0.260964839129	0.0345642588975	0.224291140397	-0.00175082440618	0.0287940079377	0.22160971404	-0.0423563024493	0.308478910513	23.2607467533	-47.5651050311	23.566201342
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12	0.513053662838	0.189508916536	0.0896220178827	0.820931121411	0.29346603347	0.709763743767	-0.285405604171	-0.545608541526	0.53013995472	0.468196989414	-0.102519518712	-0.360805266323	-0.639591801167	0.274978531784	-0.539805029729	0.960716942499	-0.0516921743726	-0.776361912466	0.324420742615	-0.309422715838	0.651733854452	23.0359600886	27.9799198525	27.5248851054
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14	0.073691900091	0.475455646974	0.247660970352	4.09639643945	0.0406212335393	5.5664680726	-0.209149957936	0.325445007958	0.765183339702	-0.233919449774	-0.0210348598624	0.0188654015232	-0.604381922352	0.877348370712	0.210480880431	0.639403227655	-0.0766959572084	-0.0796760352021	0.802864977632	0.00151091340165	1.04192228331	44.5259697489	36.9432099965	6.04303682549

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 132 )	A	A	10 - 132	1 - 123
2	2	chain 'A' and (resid 133 through 453 )	A	A	133 - 453	124 - 442
3	3	chain 'A' and (resid 454 through 555 )	A	A	454 - 555	443 - 544
4	4	chain 'A' and (resid 556 through 629 )	A	A	556 - 629	545 - 618
5	5	chain 'A' and (resid 630 through 677 )	A	A	630 - 677	619 - 666
6	6	chain 'B' and (resid 10 through 555 )	B	G	10 - 555	1 - 542
7	7	chain 'B' and (resid 556 through 677 )	B	G	556 - 677	543 - 664
8	8	chain 'C' and (resid 25 through 132 )	C	N	25 - 132	1 - 108
9	9	chain 'C' and (resid 133 through 278 )	C	N	133 - 278	109 - 254
10	10	chain 'C' and (resid 279 through 382 )	C	N	279 - 382	255 - 358
11	11	chain 'C' and (resid 383 through 432 )	C	N	383 - 432	359 - 408
12	12	chain 'C' and (resid 433 through 551 )	C	N	433 - 551	409 - 527
13	13	chain 'C' and (resid 552 through 602 )	C	N	552 - 602	528 - 564
14	14	chain 'C' and (resid 603 through 633 )	C	N	603 - 633	565 - 595

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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