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Yorodumi- PDB-7kcc: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kcc | ||||||
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Title | Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor AG-270 | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.32 Å | ||||||
Authors | Padyana, A. / Jin, L. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion. Authors: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...Authors: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. / Gao, Y. / Kalev, P. / Hyer, M.L. / DeLaBarre, B. / Jin, L. / Padyana, A.K. / Dang, L. / Murtie, J. / Biller, S.A. / Sui, Z. / Marks, K.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kcc.cif.gz | 319.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kcc.ent.gz | 213.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kcc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kcc_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kcc_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 7kcc_validation.xml.gz | 21.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7kcc_validation.cif.gz | 34.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7kceC 7kcfC 7kdaC 7kdbC 2p02S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43807.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAT2A, AMS2, MATA2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 540 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-SAM / | #5: Chemical | ChemComp-WBG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, (16%-22%) PEG6000, 10% Ethylene Glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97776 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.32→47.03 Å / Num. obs: 77099 / % possible obs: 88.8 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.32→1.37 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Num. unique obs: 3406 / % possible all: 41.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2P02 Resolution: 1.32→47.03 Å / SU ML: 0.0948 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 13.1582 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.32→47.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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