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- PDB-7kb1: Complex of O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kb1
タイトルComplex of O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (MetY) from Thermotoga maritima and a key reaction intermediate
要素O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
キーワードTRANSFERASE / Thermotoga maritima / methionine biosynthesis / enzyme kinetics / O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase / MetY / active site
機能・相同性
機能・相同性情報


O-acetylhomoserine sulfhydrylase activity / L-homocysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-WBJ / O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brewster, J.L. / Pachl, P. / Squire, C. / Selmer, M. / Patrick, W.M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden Fund ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures and kinetics of Thermotoga maritima MetY reveal new insights into the predominant sulfurylation enzyme of bacterial methionine biosynthesis.
著者: Brewster, J.L. / Pachl, P. / McKellar, J.L.O. / Selmer, M. / Squire, C.J. / Patrick, W.M.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
B: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
C: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
D: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,78011
ポリマ－188,3454
非ポリマー1,4357
水10,809600
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22480 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area46600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.580, 151.340, 91.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.041, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 2 - 429 / Label seq-ID: 2 - 429

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and (resid 2 or (resid 3 through 5...AA
22(chain 'B' and (resid 2 or (resid 3 through 5...BB
33(chain 'C' and (resid 2 through 39 or (resid 40...CC
44(chain 'D' and (resid 2 through 46 or (resid 47...DD

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase / OAH sulfhydrylase / O-acetylhomoserine thiolase


分子量: 47086.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0882, Tmari_0884 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZY4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 6種, 607分子

#2: 化合物 ChemComp-WBJ / (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]but-3-enoic acid


分子量: 330.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M BIS-Tris, pH 5.4, 0.2 M magnesium chloride, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953729 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.37 Å / Num. obs: 134424 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.49 % / Biso Wilson estimate: 27.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 11.28
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.28 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 7815 / CC1/2: 0.781 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 72.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000251999

解像度: 1.85→48.37 Å / SU ML: 0.3088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.5234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 6825 5.08 %
Rwork0.2267 127591 -
obs0.2285 134416 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12947 0 92 600 13639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003113331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.595818156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04722072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00462338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.48614692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.870.35931660.34243112X-RAY DIFFRACTION67.64
1.87-1.890.36791730.32643471X-RAY DIFFRACTION75.76
1.89-1.920.4081570.34693918X-RAY DIFFRACTION84.77
1.92-1.940.37972080.33544036X-RAY DIFFRACTION87.67
1.94-1.970.40432240.33834158X-RAY DIFFRACTION92.04
1.97-1.990.36272610.33444342X-RAY DIFFRACTION95.32
1.99-2.020.37632290.33514380X-RAY DIFFRACTION96.08
2.02-2.050.33512450.31814416X-RAY DIFFRACTION96.5
2.05-2.080.3682330.32744322X-RAY DIFFRACTION95.59
2.08-2.120.39382130.32634445X-RAY DIFFRACTION96.08
2.12-2.150.3572120.3224391X-RAY DIFFRACTION96.34
2.15-2.190.38812120.30934395X-RAY DIFFRACTION96
2.19-2.240.32132770.30994359X-RAY DIFFRACTION95.67
2.24-2.280.37252700.30884340X-RAY DIFFRACTION96.04
2.28-2.330.35052240.2924449X-RAY DIFFRACTION95.92
2.33-2.380.33692350.29364313X-RAY DIFFRACTION95.59
2.38-2.440.34462000.27824383X-RAY DIFFRACTION95
2.44-2.510.29132270.27164274X-RAY DIFFRACTION93.73
2.51-2.580.30312490.27084359X-RAY DIFFRACTION95.78
2.58-2.670.36092300.2654432X-RAY DIFFRACTION96.76
2.67-2.760.28362360.25054406X-RAY DIFFRACTION96.11
2.76-2.870.2842450.2444407X-RAY DIFFRACTION96.61
2.87-30.28792430.23864415X-RAY DIFFRACTION96.82
3-3.160.30682390.23994406X-RAY DIFFRACTION95.83
3.16-3.360.23642480.20634330X-RAY DIFFRACTION94.96
3.36-3.620.22972340.1974244X-RAY DIFFRACTION93.02
3.62-3.980.1932140.17014316X-RAY DIFFRACTION93.4
3.99-4.560.19062300.14844335X-RAY DIFFRACTION93.97
4.56-5.750.16272700.14434233X-RAY DIFFRACTION92.75
5.75-48.370.15712210.15164204X-RAY DIFFRACTION90.36
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.485315819276-0.1277286113090.2625697511980.0344364959861-0.06953989673730.146873813868-0.0205153760316-0.254633685697-0.0744816899976-0.07851489447440.02757170461350.0946529115508-0.0115950788169-0.1015778884840.004587834436350.2010903734840.0106322635111-0.02380448258390.140356382549-0.02408712452180.229090678122-7.52528615217-8.550398649317.5489451317
20.0203707440313-0.002788716691336.81997840452E-50.02072319735980.0008930956119630.008074732718770.0125048663443-0.01822648720780.0434968749428-0.167336405586-0.00169199079090.120227131041-0.0782867325011-0.04179163030510.1205572182110.2969910205790.0302287634547-0.0242134571951-0.11877364653-0.04881655874340.09380662845291.77024509777-4.439815769112.16939528376
30.0192311117146-0.0243608174371-0.004575031449340.09395916935910.00746423009210.00105025773481-0.0500331578295-0.03389234955190.0565273606892-0.0432809411063-0.003717637140880.0293198718365-0.07049509599710.00741798753959-0.1129922736680.294496620266-0.05523898666610.01893856527490.0745788730695-0.1404862880290.26510845820818.210909422114.1056678839.61103587951
40.0664814831346-0.0344116995785-0.0432763469320.02346710888090.01187308826830.0677799800096-0.0198667706548-0.1657149075280.143649218629-0.117807456436-0.0138064395555-0.04204985513240.02452645278660.0170936046614-0.04644296784610.247714350447-0.04764244442290.02305365479430.199600235889-0.08085496950680.21668745148825.958836765.1719997822412.9315234031
50.00500727423904-0.00698078756867-0.00814454037590.03406033363930.0336947875020.0357990564209-0.0243211703698-0.209427713302-0.108731119614-0.04126014457840.0547111702049-0.0422514242753-0.04351660103020.03608024635260.003397064392530.1697493527140.0168952879190.01293244160020.4138234657320.1068721765160.23674839603823.8627099193-17.818461500625.8211334435
60.120222180290.00446197401127-0.01669273272030.00576271086483-0.003734739526720.00200041651718-0.0697080633787-0.184450500656-0.336366668663-0.0994820175234-0.00272186046358-0.0001334947438440.00692691081110.0367145628268-0.1844857127270.210552410920.0008580108909740.0307384066084-0.159263997740.2832684568850.2962503273711.5182994832-30.00018069419.67000608151
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:104)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 105:288)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 289:356)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 357:429)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:53)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 54:278)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 279:356)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 357:429)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:61)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 62:281)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 282:387)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 388:429)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 2:35)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 36:214)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 215:422)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 423:429)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る