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- PDB-7kb0: O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (MetY) from Th... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kb0 | ||||||
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Title | O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (MetY) from Thermotoga maritima with pyridoxal-5-phosphate (PLP) bound in the internal aldimine state | ||||||
![]() | O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Thermotoga maritima / methionine biosynthesis / enzyme kinetics / O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase / MetY / active site | ||||||
Function / homology | ![]() O-acetylhomoserine sulfhydrylase activity / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brewster, J.L. / Pachl, P. / Squire, C. / Selmer, M. / Patrick, W.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures and kinetics of Thermotoga maritima MetY reveal new insights into the predominant sulfurylation enzyme of bacterial methionine biosynthesis. Authors: Brewster, J.L. / Pachl, P. / McKellar, J.L.O. / Selmer, M. / Squire, C.J. / Patrick, W.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 298.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 203 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 427.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 429 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 47314.387 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_0882, Tmari_0884 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9WZY4, Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.4 Details: 0.1 M BIS-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 18% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→42.88 Å / Num. obs: 51081 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.62 % / Biso Wilson estimate: 24.25 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 7.13 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.96 Å / Redundancy: 7.75 % / Num. unique obs: 8154 / CC1/2: 0.302 / Rrim(I) all: 1.869 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: T. maritima CBL Resolution: 1.85→42.88 Å / SU ML: 0.2886 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.043 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→42.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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