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万見
- PDB-7jyd: Human Liver Receptor Homolog-1 in Complex with 10CA and a Fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jyd
タイトルHuman Liver Receptor Homolog-1 in Complex with 10CA and a Fragment of Tif2
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / agonist / nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm ...Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of viral genome replication / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / RORA activates gene expression / transcription coregulator binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to leukemia inhibitory factor / cholesterol homeostasis / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / PPARA activates gene expression / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / phospholipid binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VQA / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者D'Agostino, E.H. / Mays, S.G. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1444932 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008602 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F31DK111171 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008367-27 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK095750 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK114213 米国
United States Department of Agriculture (USDA)3092-5-001-057 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tapping into a phospholipid-LRH-1 axis yields a powerful anti-inflammatory agent with in vivo activity against colitis
著者: D'Agostino, E.H. / Mays, S.G. / Flynn, A.F. / Huang, X. / Wang, G. / Liu, X. / Millings, E.J. / Okafor, C.D. / Patel, A. / Cato, M.L. / Cornelison, J.C. / Houtman, R. / Moore, D.D. / Calvert, ...著者: D'Agostino, E.H. / Mays, S.G. / Flynn, A.F. / Huang, X. / Wang, G. / Liu, X. / Millings, E.J. / Okafor, C.D. / Patel, A. / Cato, M.L. / Cornelison, J.C. / Houtman, R. / Moore, D.D. / Calvert, J.W. / Jui, N.T. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2020年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3533
ポリマ－29,8812
非ポリマー4731
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Fluorescence polarization binding assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.370, 88.370, 105.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28401.771 Da / 分子数: 1 / 断片: nuclear receptor ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1478.756 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 740-751 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-VQA / 10-[(3aR,6R,6aR)-6-hydroxy-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid


分子量: 472.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.233 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 343073
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3815.31.16421330.7760.3051.2040.486100
2.38-2.4814.20.88321250.860.240.9160.541100
2.48-2.5916.30.69521540.9290.1760.7170.593100
2.59-2.7317.30.49521190.9640.1220.510.715100
2.73-2.9170.36921420.980.0920.3810.885100
2.9-3.1216.50.28321630.9850.0710.2921.07100
3.12-3.4415.50.20121540.990.0530.2081.458100
3.44-3.9315.30.13821700.990.0360.1431.803100
3.93-4.9516.70.12821970.9940.0330.1322.222100
4.95-5014.30.15123150.9910.0410.1572.53499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12-2829-000精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIXデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L11

5l11


解像度: 2.3→40.77 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1087 5.02 %
Rwork0.189 20553 -
obs0.191 21640 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.51 Å2 / Biso mean: 74.1224 Å2 / Biso min: 35.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2033 0 74 34 2141
Biso mean--67.03 65.82 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5182858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.296284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003362
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.410.27171350.24712494262999
2.41-2.530.26331320.214725412673100
2.53-2.690.25071350.22125482683100
2.69-2.90.22741360.194125322668100
2.9-3.190.23611330.223525502683100
3.19-3.650.20251370.193525952732100
3.65-4.60.21041350.170925942729100
4.6-40.770.23731440.175626992843100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0267-0.38171.19024.32355.9448.4649-0.17150.48510.8683-0.9682-0.23910.9025-0.9279-0.07320.52080.6548-0.0962-0.07050.55120.16990.715221.6347-18.1056-23.9521
25.77944.83832.79636.19882.72974.6707-0.0358-0.67211.45980.5547-0.30111.0327-0.8499-0.52440.4550.7890.04080.0090.5218-0.13190.752727.9045-2.5171-2.443
34.9955.1531-2.1138.6717-0.70777.6889-0.1687-0.07020.1221-0.1004-0.06680.52370.004-0.40980.20460.501-0.0594-0.06810.4155-0.0170.438927.2659-19.3587-9.0635
49.7186-2.08996.08177.5002-3.51634.5781-0.58821.21220.8692-0.4018-0.13410.1117-0.98161.09230.61460.8871-0.1922-0.07360.56490.00940.575741.738-0.9124-10.692
57.04994.95274.60839.1935.70325.1344-0.57590.9143-0.36050.00530.627-0.6420.11641.5279-0.45030.4297-0.1670.01910.5008-0.06050.42245.7786-12.3416-12.7566
67.07833.5453-0.95997.0827-1.43059.00070.05120.5305-0.3708-0.177-0.0297-0.2778-0.01020.3650.08510.3352-0.093-0.03170.4058-0.05280.354230.1664-25.6291-19.8108
74.47722.75263.37947.06465.26014.29090.1942-0.2878-0.27990.99510.6214-0.44811.45010.7341-0.6710.4073-0.0477-0.07180.31910.02560.395440.2589-19.7277-6.4258
82.97753.74063.15295.1744.31073.72290.6365-2.35110.66481.8641-0.80120.1414-0.0132-0.7470.57740.9216-0.0874-0.05611.026-0.06880.850531.1924-12.066.8949
93.52772.4807-2.62812.8017-0.8033.00190.212-2.21270.96721.8347-0.21181.25410.4557-1.8325-0.08210.771-0.24950.19051.062-0.21270.888217.3889-17.87732.1252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 299 through 314 )A299 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 315 through 362 )A315 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 363 through 397 )A363 - 397
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 398 through 421 )A398 - 421
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 422 through 440 )A422 - 440
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 441 through 494 )A441 - 494
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 495 through 522 )A495 - 522
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 523 through 538 )A523 - 538
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 742 through 751 )C742 - 751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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