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- PDB-7jfy: GAS41 YEATS domain in complex with 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jfy
タイトルGAS41 YEATS domain in complex with 5
要素YEATS domain-containing protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / Protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V91 / YEATS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.10055713817 Å
データ登録者Linhares, B.M. / Listunov, D. / Winkler, A. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA240514 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: GAS41 YEATS domain in complex with 5
著者: Linhares, B.M. / Listunov, D. / Winkler, A. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YEATS domain-containing protein 4
A: YEATS domain-containing protein 4
C: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,11015
ポリマ－71,2104
非ポリマー1,90011
水13,115728
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)117.266, 112.503, 63.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.743, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-339-

HOH

21B-486-

HOH

31B-499-

HOH

41A-383-

HOH

51A-472-

HOH

61C-454-

HOH

71D-447-

HOH

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要素

#1: タンパク質
YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI1


分子量: 17802.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95619
#2: 化合物
ChemComp-V91 / N-(5-{3-[(2S)-1,3-thiazolidin-2-yl]azetidine-1-carbonyl}thiophen-2-yl)-L-prolinamide


分子量: 362.470 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N4O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M Tris, pH 7.3, 0.2 M magnesium chloride, 2.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.85 Å / Num. obs: 42637 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.2473095888 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09119 / Rpim(I) all: 0.05365 / Rrim(I) all: 0.1059 / Net I/σ(I): 11.74
反射 シェル解像度: 2.101→2.176 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 4184 / CC1/2: 0.809 / Rpim(I) all: 0.2831 / Rrim(I) all: 0.5579

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.11.1_2575データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VNA

5vna


解像度: 2.10055713817→39.8491142852 Å / SU ML: 0.304519619771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37232259317 / 位相誤差: 27.977092778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264217070077 2091 4.99462558223 %
Rwork0.207500426097 39774 -
obs0.210363055247 41865 98.1065310618 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.6552227129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10055713817→39.8491142852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4089 0 124 728 4941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001608440995454366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5091041979785938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478023033928625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00244489702597745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.05659974292524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1006-2.14940.3175960164141490.2489978138242601X-RAY DIFFRACTION97.104519774
2.1494-2.20320.3172295712641350.2564178141892683X-RAY DIFFRACTION99.3302784632
2.2032-2.26270.3083628598811300.2511946329672686X-RAY DIFFRACTION99.1200281591
2.2627-2.32930.3040500460531110.2474463859122688X-RAY DIFFRACTION99.2905285562
2.3293-2.40450.303609110431330.2443124705192671X-RAY DIFFRACTION99.011299435
2.4045-2.49040.2979259086331640.2531199082182632X-RAY DIFFRACTION99.0084985836
2.4904-2.59010.3074127739461540.2516228183112645X-RAY DIFFRACTION98.8347457627
2.5901-2.7080.3570904363431260.2495474074172708X-RAY DIFFRACTION98.8145048815
2.708-2.85070.314598082741430.2491408331092653X-RAY DIFFRACTION98.6243386243
2.8507-3.02920.2642032432621370.2252266341562653X-RAY DIFFRACTION98.3086680761
3.0292-3.2630.2792098988811360.2111746655432653X-RAY DIFFRACTION98.2042253521
3.263-3.59120.2425865214581500.1799273410342626X-RAY DIFFRACTION97.5061468212
3.5912-4.11040.2128167804481390.166903613412640X-RAY DIFFRACTION97.577247191
4.1104-5.17690.2314923188821230.1551089306152635X-RAY DIFFRACTION96.0640891675
5.1769-39.840.236735823981610.2131787665912600X-RAY DIFFRACTION94.9449793673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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