ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | 0.7.7データスケーリング | PHENIX | 1.18.2_3874精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | MOSFLM | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7FE0 解像度: 2.5→60.6 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.242 | 1999 | 8.36 % |
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Rwork | 0.1896 | 21922 | - |
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obs | 0.194 | 23921 | 99.87 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 118.69 Å2 / Biso mean: 60.1363 Å2 / Biso min: 34.11 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→60.6 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4431 | 0 | 34 | 66 | 4531 |
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Biso mean | - | - | 69.98 | 51.93 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 567 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID | Dom-ID | Auth asym-ID | 数 | Refine-ID | Rms | タイプ |
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1 | 1 | A2736 | X-RAY DIFFRACTION | 13.735 | TORSIONAL1 | 2 | B2736 | X-RAY DIFFRACTION | 13.735 | TORSIONAL1 | 3 | C2736 | X-RAY DIFFRACTION | 13.735 | TORSIONAL | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.5-2.56 | 0.3664 | 139 | 0.3207 | 1525 | 1664 | 100 | 2.56-2.63 | 0.3176 | 140 | 0.277 | 1534 | 1674 | 100 | 2.63-2.71 | 0.284 | 139 | 0.2585 | 1523 | 1662 | 100 | 2.71-2.8 | 0.3102 | 138 | 0.2517 | 1529 | 1667 | 100 | 2.8-2.9 | 0.3316 | 141 | 0.2503 | 1543 | 1684 | 100 | 2.9-3.01 | 0.2842 | 139 | 0.2398 | 1525 | 1664 | 100 | 3.01-3.15 | 0.2869 | 143 | 0.227 | 1562 | 1705 | 100 | 3.15-3.32 | 0.2868 | 140 | 0.2001 | 1538 | 1678 | 100 | 3.32-3.52 | 0.2358 | 142 | 0.1993 | 1564 | 1706 | 100 | 3.52-3.8 | 0.2425 | 142 | 0.1864 | 1553 | 1695 | 100 | 3.8-4.18 | 0.2125 | 145 | 0.1521 | 1579 | 1724 | 100 | 4.18-4.78 | 0.1725 | 145 | 0.1317 | 1594 | 1739 | 100 | 4.78-6.02 | 0.2221 | 147 | 0.1501 | 1618 | 1765 | 100 | 6.02-60.6 | 0.2235 | 159 | 0.1915 | 1735 | 1894 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.8063 Å / Origin y: 1.7686 Å / Origin z: 102.7374 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.4054 Å2 | 0.0231 Å2 | -0.0801 Å2 | - | 0.4626 Å2 | -0.0995 Å2 | - | - | 0.4185 Å2 |
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L | 2.1063 °2 | -0.294 °2 | -0.4877 °2 | - | 2.095 °2 | -0.1829 °2 | - | - | 1.233 °2 |
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S | -0.1684 Å ° | -0.128 Å ° | 0.0183 Å ° | 0.4018 Å ° | 0.1067 Å ° | -0.1456 Å ° | 0.2145 Å ° | 0.0784 Å ° | 0.0676 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA9 - 197 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB9 - 197 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC9 - 201 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 67 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allE1 - 7 | | | | | | | | | | |
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