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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7emq | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of HasAp Capturing Manganese Tetraphenylporphyrin | ||||||||||||
![]() | Heme acquisition protein HasAp | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Mn-5,10,15,20-Tetraphenylporphyrin / PHOSPHATE ION / Heme acquisition protein HasAp![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein. 著者: Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ueda, G. / Hatano, M. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7emoC ![]() 7empC ![]() 7emrC ![]() 7emsC ![]() 7emtC ![]() 7emuC ![]() 7emvC ![]() 7emwC ![]() 7vm1C ![]() 3ellS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 18901.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 426分子 ![](data/chem/img/J7X.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CXS.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CXS.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CXS / #5: 化合物 | ChemComp-NHE / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 % / Mosaicity: 0.13 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 100mM CAPS/NaOH (pH10.5), 1.2M Sodium phosphate monobasic/0.8M pottasium phosphate dibasic, 0.2M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→48.9 Å / Num. obs: 95073 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 24.4 / Num. measured all: 1380059 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ELL 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.436 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.24 Å2 / Biso mean: 19.98 Å2 / Biso min: 11.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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