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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+38 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of deoxypodophyllotoxin synthase from Sinopodophyllum hexandrum in complex with yatein and succinate | |||||||||
![]() | Deoxypodophyllotoxin synthase | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / non-heme iron/2-oxoglutarate enzyme beta-helix fold deoxypodophyllotoxin biosynthesis carbon-carbon bond formation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() (-)-deoxypodophyllotoxin synthase / phenylpropanoid biosynthetic process / : / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / response to wounding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, M.-H. / Chang, W.-c. / Chien, T.-C. / Chan, N.-L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic analysis of carbon-carbon bond formation by deoxypodophyllotoxin synthase. 著者: Tang, H. / Wu, M.H. / Lin, H.Y. / Han, M.R. / Tu, Y.H. / Yang, Z.J. / Chien, T.C. / Chan, N.L. / Chang, W.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36140.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0N9HQ36, (-)-deoxypodophyllotoxin synthase |
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-非ポリマー , 5種, 459分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/YTC.gif)
![](data/chem/img/YTN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SIN.gif)
![](data/chem/img/YTC.gif)
![](data/chem/img/YTN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 % / 解説: Rod and plate like crystals |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 62652 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.23 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 3622 / CC1/2: 0.897 / Rsym value: 0.477 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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