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万見
- PDB-7e38: Crystal structure of deoxypodophyllotoxin synthase from Sinopodop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+38
タイトルCrystal structure of deoxypodophyllotoxin synthase from Sinopodophyllum hexandrum in complex with yatein and succinate
要素Deoxypodophyllotoxin synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / non-heme iron/2-oxoglutarate enzyme beta-helix fold deoxypodophyllotoxin biosynthesis carbon-carbon bond formation
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-deoxypodophyllotoxin synthase / phenylpropanoid biosynthetic process / : / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / response to wounding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUCCINIC ACID / Chem-YTC / Chem-YTN / Deoxypodophyllotoxin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinopodophyllum hexandrum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wu, M.-H. / Chang, W.-c. / Chien, T.-C. / Chan, N.-L.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2811-M-002 -649 - 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2326-B-002 -008 - 台湾
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanistic analysis of carbon-carbon bond formation by deoxypodophyllotoxin synthase.
著者: Tang, H. / Wu, M.H. / Lin, H.Y. / Han, M.R. / Tu, Y.H. / Yang, Z.J. / Chien, T.C. / Chan, N.L. / Chang, W.C.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxypodophyllotoxin synthase
B: Deoxypodophyllotoxin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,23010
ポリマ－72,2802
非ポリマー1,9508
水8,125451
1
A: Deoxypodophyllotoxin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1155
ポリマ－36,1401
非ポリマー9754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
2
B: Deoxypodophyllotoxin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1155
ポリマ－36,1401
非ポリマー9754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.763, 100.763, 172.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-628-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Deoxypodophyllotoxin synthase / 2-oxoglutarate dependent dioxygenase


分子量: 36140.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinopodophyllum hexandrum (植物) / 遺伝子: 2-ODD, Phex30848 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3)pLysS
参照: UniProt: A0A0N9HQ36, (-)-deoxypodophyllotoxin synthase

-
非ポリマー , 5種, 459分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-YTC / (3~{S},4~{S})-4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-3-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methyl]oxolan-2-one / (+)-ヤテイン


分子量: 400.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-YTN / (3~{R},4~{R})-4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-3-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methyl]oxolan-2-one / ヤテイン


分子量: 400.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H24O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 % / 解説: Rod and plate like crystals
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 62652 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.23 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.68
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 3622 / CC1/2: 0.897 / Rsym value: 0.477

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 開始モデル: 7.0E+37 / 解像度: 2.05→19.89 Å / SU ML: 0.1988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7386
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 1994 3.19 %
Rwork0.1797 60602 -
obs0.1809 62596 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 134 451 5525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55777101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8367697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.25961400.2124268X-RAY DIFFRACTION96.54
2.1-2.160.23221450.20184248X-RAY DIFFRACTION97.19
2.16-2.220.23051370.19074267X-RAY DIFFRACTION97.2
2.22-2.290.20511380.19464302X-RAY DIFFRACTION97.37
2.29-2.370.27781400.1964274X-RAY DIFFRACTION97.35
2.37-2.470.22621390.20144341X-RAY DIFFRACTION97.69
2.47-2.580.24831390.19454338X-RAY DIFFRACTION97.84
2.58-2.720.25351390.20214298X-RAY DIFFRACTION97.84
2.72-2.890.24051470.20264340X-RAY DIFFRACTION97.78
2.89-3.110.22881450.19484325X-RAY DIFFRACTION97.66
3.11-3.420.2341480.18474370X-RAY DIFFRACTION97.86
3.42-3.910.19881480.15774380X-RAY DIFFRACTION97.5
3.91-4.910.16581440.13974403X-RAY DIFFRACTION97.22
4.91-19.890.19421450.17134448X-RAY DIFFRACTION94.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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