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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dyq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of histone lysine demethylase 4D (KDM4D) in complex with the inhibitor 5-hydroxy-2-methylpyrazolo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrimidine-3-carbonitrile | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 4D | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / KDM4D / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / HDMs demethylate histones / regulation of protein phosphorylation ...positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / HDMs demethylate histones / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / regulation of gene expression / site of double-strand break / blood microparticle / damaged DNA binding / chromatin remodeling / inflammatory response / chromatin / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, T. / Yang, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of histone lysine demethylase 4D (KDM4D) in complex with the inhibitor 5-hydroxy-2-methylpyrazolo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrimidine-3-carbonitrile 著者: Wang, T. / Yang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dyq.cif.gz | 144.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dyq.ent.gz | 112 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dyq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dyq_validation.pdf.gz | 765.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dyq_full_validation.pdf.gz | 769.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dyq_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dyq_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4d6qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38093.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6B0I6, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HR0 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate PH 8.3, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→26.023 Å / Num. obs: 27628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Num. unique obs: 1343 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4D6Q 解像度: 1.998→26.023 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.19 Å2 / Biso mean: 27.8461 Å2 / Biso min: 3.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.998→26.023 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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