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- PDB-7due: Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with (R)-1-(sec-butyl)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7due
タイトルCrystal structure of VIM-2 MBL in complex with (R)-1-(sec-butyl)-1H-imidazole-2-carboxylic acid
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 1-[(2~{R})-butan-2-yl]imidazole-2-carboxylic acid / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Li, G.-B. / Yan, Y.-H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874291 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81502989 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073698 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-guided optimization of 1H-imidazole-2-carboxylic acid derivatives affording potent VIM-Type metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Yan, Y.H. / Li, W. / Chen, W. / Li, C. / Zhu, K.R. / Deng, J. / Dai, Q.Q. / Yang, L.L. / Wang, Z. / Li, G.B.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,27214
ポリマ－49,3592
非ポリマー91312
水6,323351
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1367
ポリマ－24,6791
非ポリマー4566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1367
ポリマ－24,6791
非ポリマー4566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.974, 79.599, 67.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / ...BlaVIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 class B beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 24679.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HL3 / 1-[(2~{R})-butan-2-yl]imidazole-2-carboxylic acid


分子量: 168.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Magnesium Formate, 21%-27% (v/v) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 37791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.837.10.20318730.9750.0820.220.941100
1.83-1.8670.18618770.9760.0760.2010.961100
1.86-1.970.17518840.9810.0710.1890.932100
1.9-1.946.90.16719110.9760.0680.180.97499.9
1.94-1.986.90.15418540.9790.0630.1670.963100
1.98-2.036.60.14618760.9820.0610.1591.03499.9
2.03-2.086.50.14418930.9790.060.1561.12199.8
2.08-2.137.10.1418880.9840.0560.1511.118100
2.13-2.27.10.12918870.9830.0520.140.98899.9
2.2-2.277.10.12518940.9860.050.1350.93799.9
2.27-2.356.90.1218810.9840.0490.130.92399.9
2.35-2.446.70.11618800.9850.0480.1260.91799.8
2.44-2.556.60.10618830.9850.0440.1150.86599.4
2.55-2.697.20.10419000.990.0410.1120.83699.9
2.69-2.867.10.09819020.9890.040.1060.79899.9
2.86-3.0870.09618940.9890.0390.1040.77799.7
3.08-3.396.70.09618840.9890.040.1050.84499.5
3.39-3.887.20.119030.9850.040.1070.928100
3.88-4.886.80.09318930.9890.0380.1010.87198.9
4.88-5070.08919340.9880.0360.0960.77499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.26 Å39.8 Å
Translation6.26 Å39.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LCA

5lca


解像度: 1.799→39.8 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 2003 5.3 %
Rwork0.1682 35754 -
obs0.1703 37757 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.55 Å2 / Biso mean: 19.1187 Å2 / Biso min: 7.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.799→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 42 357 3865
Biso mean--22.62 25.82 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8284894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7042074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.799-1.8440.22511390.1816246498
1.844-1.89380.24421460.18042553100
1.8938-1.94960.22811360.17982541100
1.9496-2.01250.21011410.17122575100
2.0125-2.08440.23061440.16092542100
2.0844-2.16790.25451480.17052555100
2.1679-2.26650.22621480.16452556100
2.2665-2.3860.21531430.17522555100
2.386-2.53550.20781480.1806254599
2.5355-2.73120.22241340.17342562100
2.7312-3.0060.21441480.18322552100
3.006-3.44070.20681490.16792566100
3.4407-4.33410.1851380.14532594100
4.3341-39.80.16641410.1664259499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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