[日本語] English
万見
- PDB-7bjv: Crystal structure of the ligand-binding domains of the heterodime... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bjv
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domains of the heterodimer EcR/USP bound to the synthetic agonist BYI09181
要素
  • Ecdysone Receptor
  • Ultraspiracle protein
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / Ligand-Binding Domain / Ecdysone receptor / dibenzoylhydrazine
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-U0H / Protein ultraspiracle homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Browning, C. / McEwen, A.G. / Billas, I.M.L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: J Pestic Sci / 年: 2021
タイトル: Nonsteroidal ecdysone receptor agonists use a water channel for binding to the ecdysone receptor complex EcR/USP.
著者: Browning, C. / McEwen, A.G. / Mori, K. / Yokoi, T. / Moras, D. / Nakagawa, Y. / Billas, I.M.L.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ultraspiracle protein
B: Ultraspiracle protein
C: Ultraspiracle protein
D: Ecdysone Receptor
E: Ecdysone Receptor
F: Ecdysone Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,40116
ポリマ－180,8156
非ポリマー3,58710
水1,65792
1
A: Ultraspiracle protein
D: Ecdysone Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3775
ポリマ－60,2722
非ポリマー1,1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
2
B: Ultraspiracle protein
E: Ecdysone Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4595
ポリマ－60,2722
非ポリマー1,1873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
3
C: Ultraspiracle protein
F: Ecdysone Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5656
ポリマ－60,2722
非ポリマー1,2944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.035, 147.035, 162.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-602-

PEG

21A-612-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Ultraspiracle protein


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding domain / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 遺伝子: B5V51_5554 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A4K9Z3
#2: タンパク質 Ecdysone Receptor


分子量: 30319.781 Da / 分子数: 3 / Mutation: W303Y, A316S, L456S, C483S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-Binding domain / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 102分子

#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-U0H / ~{N}-~{tert}-butyl-2-methoxy-~{N}'-(3-methoxy-2-methyl-phenyl)carbonyl-pyridine-3-carbohydrazide


分子量: 371.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, and 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→49.79 Å / Num. obs: 37522 / % possible obs: 95.86 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 60.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.48
反射 シェル解像度: 3.05→3.159 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 5.49 / Num. unique obs: 3604 / % possible all: 93.97

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R20

1r20


解像度: 3.05→49.79 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1880 5.01 %
Rwork0.196 35613 -
obs0.1986 37493 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.41 Å2 / Biso mean: 66.7194 Å2 / Biso min: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11385 0 250 92 11727
Biso mean--69.15 46.14 -
残基数----1441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.05-3.130.371120.23332667277994
3.13-3.220.29181430.2222634277794
3.22-3.330.25661200.21282665278594
3.33-3.450.24131740.22594276893
3.45-3.590.25031700.19572632280293
3.59-3.750.26621380.17872653279194
3.75-3.950.25361380.16622654279294
3.95-4.190.23741450.17172703284895
4.19-4.520.21011250.16922771289697
4.52-4.970.22221610.18452839300099
4.97-5.690.24121470.209228783025100
5.69-7.160.28861580.247629023060100
7.17-49.790.2311490.200430213170100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2267-0.3571-0.28580.68250.23440.0745-0.3783-0.02740.2797-0.17180.4972-0.50350.21310.1874-0.02110.2337-0.20940.12980.3117-0.02670.286697.045860.322261.6788
22.04620.22240.01940.7180.60620.7236-0.0466-0.14940.0735-0.00140.0688-0.09190.07180.0342-0.00320.1789-0.037-0.01950.3077-0.01590.282688.704364.705158.3174
30.3961-0.4101-0.05650.8924-0.40220.383-0.41-0.31310.19560.54530.27180.3008-0.4866-0.283-0.00450.38570.07130.03390.41570.1180.556847.900540.338758.4053
40.068-0.0004-0.03070.10860.15180.1449-0.31530.4029-0.0730.04370.15950.79520.0558-0.036-0.0030.40570.01480.03930.38030.09130.79437.313126.703555.8641
50.4953-0.48350.07161.2135-0.03960.9542-0.03130.0441-0.3365-0.04260.10860.3488-0.1987-0.117-0.2270.24460.00420.06880.24430.09960.451847.153124.860757.882
60.739-0.6136-0.14670.8237-0.16770.3054-0.060.03920.57590.16530.1149-0.125-0.3877-0.18090.21520.19430.1105-0.12430.27090.04210.952650.660545.665955.4268
70.05660.00850.02850.01070.00410.00770.0908-0.27540.08240.8263-0.33180.06050.72740.1624-00.5949-0.04870.07840.4449-0.06190.425793.64913.591276.9159
80.90960.2138-0.13870.0957-0.32881.74340.06230.2898-0.07660.15640.06310.6099-0.19-0.03881.48990.4313-0.0483-0.03890.1337-0.45270.522585.6350.552853.4268
90.60280.14580.1930.436-0.38670.439-0.0892-0.137-0.3260.01920.07640.2915-0.04760.013400.3932-0.01990.02590.30080.0160.392190.53538.468659.5086
100.00430.0031-0.00290.01140.03240.060.43750.1233-0.0169-0.0027-0.52850.3613-0.00890.4838-0.00030.67-0.0480.02320.7144-0.07350.9404115.48960.429757.9976
110.70760.70880.31480.8674-0.12571.113-0.06980.194-0.2757-0.010.1055-0.5643-0.08790.00230.0120.3014-0.02420.05920.2737-0.05950.4368102.63919.374257.6698
120.3877-0.0175-0.01330.38710.11620.15760.23980.1817-0.32580.0832-0.2540.0586-0.59420.3065-0.01240.4016-0.0578-0.08150.4748-0.04570.2669101.738624.727970.8724
130.3714-0.6488-0.27041.1516-0.01930.9131-0.0171-0.2251-0.1401-0.2489-0.07350.197-0.1421-0.1944-0.02560.25480.0097-0.00270.28920.03410.404191.932611.141456.1331
140.44870.0336-0.09670.6256-0.10710.0374-0.1669-0.01180.5422-0.03180.32030.398-0.0138-0.19760.47140.22240.0954-0.18220.5448-0.10010.72352.764965.852456.2935
150.00890.0081-0.05150.55870.09890.5453-0.05580.1951-0.22710.46630.3044-0.37690.5513-0.14380.23411.3351-0.3385-0.34851.1057-0.19230.696958.382755.782629.3132
160.2315-0.6474-0.12291.73140.44350.43860.105-0.3811-0.2291-0.7087-0.04560.75360.2089-0.68350.02270.4921-0.159-0.16590.65370.11690.461563.779858.216233.7808
170.13310.1606-0.05041.5293-0.7121.1661-0.12190.46320.0967-0.50830.24040.42960.1392-1.05430.12920.3622-0.0971-0.05060.45910.13180.478865.166361.645743.5646
180.6790.01320.43080.0198-0.03560.9474-0.16230.3568-0.1679-0.15410.1210.07490.04420.2373-0.12350.923-0.17330.21280.3582-0.13140.458470.38445.042534.1983
190.13830.05810.27560.24510.24490.8350.21520.1546-0.1644-0.3321-0.1476-0.26650.0890.17810.00210.3659-0.0940.0210.30370.03660.427469.146658.537249.2488
200.0563-0.05110.05630.1445-0.12290.0689-0.1366-0.13440.44280.36370.07980.0777-0.48060.40750.00010.53270.02520.06870.4650.01680.657562.573768.75460.3698
210.3931-0.31130.06740.1197-0.02390.0039-0.15220.3143-0.2203-0.14310.0864-0.08470.363-0.0520.03440.3448-0.10730.00270.43390.01780.329175.2560.681840.9916
221.6409-0.3188-0.69940.08840.27171.55480.28120.1603-0.7944-0.0618-0.4812-0.4825-0.37890.2141-0.29090.665-0.0750.10610.1843-0.09170.707663.9895-0.992956.4953
230.7128-0.06890.70510.97791.00391.89090.35030.5409-0.4383-0.0517-0.06080.01530.2427-0.61670.88470.6046-0.08250.24280.6731-0.38460.190767.270910.48135.2539
240.2954-0.36580.08950.5937-0.4060.5411-0.11720.3339-0.3968-0.37390.14220.29330.31930.1754-0.12720.4234-0.1156-0.01450.5794-0.16940.466561.789111.06344.5867
250.13810.12820.0210.5176-0.18630.1114-0.03590.0047-0.0429-0.08880.02810.05710.3628-0.2650.15561.0745-0.30250.53180.7787-0.13410.70876.37116.868336.7236
260.07380.1432-0.2020.3218-0.44310.5684-0.0950.30550.62830.0224-0.251-0.4604-0.3286-0.0367-0.51080.3033-0.08610.01520.50980.25330.427370.277925.505943.2112
270.4184-0.17390.12670.76930.45710.92680.1687-0.23990.02430.2080.05250.10920.3357-0.34260.00360.223-0.0165-0.03390.21740.0630.503156.37857.945756.8064
280.1886-0.1818-0.45810.22120.41280.9494-0.15940.2959-0.10560.2331-0.12640.0339-0.1816-0.2118-0.66970.3410.046-0.03550.47380.06170.140758.371519.760242.4831
291.31020.0088-0.19090.60650.63460.57780.04470.50160.5458-0.1987-0.1707-0.7385-0.34410.3596-0.31780.4215-0.140.06840.39110.16790.6214109.870738.662344.0877
300.5720.07740.10250.9973-0.07951.49530.06180.02230.1494-0.3049-0.0144-0.2594-0.2180.13370.0050.4769-0.0437-0.0170.27590.01170.3591103.102632.88449.363
311.0663-0.40530.28110.5023-0.59221.12770.10170.01250.0288-0.7230.20020.4223-0.5157-0.3090.34780.6527-0.0958-0.08960.27860.04990.2346100.178325.380643.4518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 205 through 239 )A205 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 464 )A240 - 464
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 205 through 285 )B205 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 286 through 321 )B286 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 322 through 437 )B322 - 437
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 438 through 463 )B438 - 463
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 204 through 218 )C204 - 218
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 219 through 239 )C219 - 239
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 240 through 299 )C240 - 299
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 300 through 321 )C300 - 321
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 322 through 384 )C322 - 384
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 385 through 412 )C385 - 412
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 413 through 464 )C413 - 464
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 286 through 307 )D286 - 307
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 308 through 333 )D308 - 333
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 334 through 355 )D334 - 355
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 356 through 397 )D356 - 397
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 398 through 413 )D398 - 413
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 414 through 454 )D414 - 454
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 455 through 480 )D455 - 480
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 481 through 532 )D481 - 532
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 287 through 308 )E287 - 308
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 309 through 355 )E309 - 355
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 356 through 397 )E356 - 397
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 398 through 404 )E398 - 404
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 405 through 430 )E405 - 430
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 431 through 480 )E431 - 480
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 481 through 528 )E481 - 528
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 286 through 364 )F286 - 364
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 365 through 480 )F365 - 480
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 481 through 529 )F481 - 529

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る