PDB-7bg5: 4-(2-(3-(4-iodophenyl)ureido)ethyl)benzenesulfonamide in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bg5

タイトル

4-(2-(3-(4-iodophenyl)ureido)ethyl)benzenesulfonamide in complex with Carbonic Anhydrase II

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / inhibitor / sulfonamide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.428 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into Schistosoma mansoni Carbonic Anhydrase (SmCA) Inhibition by Selenoureido-Substituted Benzenesulfonamides.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Da'dara, A.A. / Selleri, S. / Pinteala, M. / Carta, F. / Skelly, P.J. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bg5.cif.gz	76.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bg5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bg5_validation.pdf.gz	636.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bg5_full_validation.pdf.gz	637.8 KB	表示
XML形式データ	7bg5_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	7bg5_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqmC 7bfaC 7bhhC 7bm4C 7nexC 7ng1C 7nwyC 7o2sC 7o48C 7oa1C 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u3a-d 3m2z-d 3rj7-d 3sbi-d 1bnq-d 4bf6-d 5ogj-2 6oud-d 3m3x-d 6eeo-d 3p44-d 4yxu-d 6ypw-d 6t5c-d 1zfq-d 6lv8-d 6ca2-d 5a6h-d 6lv5-d 6lva-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.362, 41.521, 71.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.359, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TKQ / 1-(4-iodophenyl)-3-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]urea 分子量: 445.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆IN₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.428→35.7 Å / Num. obs: 87572 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.23 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.042 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 20.14
反射シェル	解像度: 1.428→1.51 Å / R_merge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 8.18 / Num. unique obs: 14196 / CC_1/2: 0.985 / R_rim(I) all: 0.122 / R_sym value: 0.136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.428→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.768 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1649	2323	5.149 %
R_work	0.1443	42795	-
all	0.145	-	-
obs	-	45118	99.728 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.154 Å²	-0 Å²	-0.029 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.149 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.428→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2047	0	30	236	2313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.947	1.634	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.596	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.168	23.611	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.89	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.152	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.056	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	1.23	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.657	1.232	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.431	1.844	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.337	1.845	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.769	1.514	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.767	1.519	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.76	2.161	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.775	2.168	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.574	15.579	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.496	15.544	2459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.428-1.465	0.18	166	0.147	3145	X-RAY DIFFRACTION	99.3996
1.465-1.505	0.174	151	0.145	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.505-1.549	0.185	165	0.138	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.549-1.597	0.154	190	0.133	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.9673
1.597-1.649	0.19	141	0.14	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.649-1.707	0.19	145	0.141	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.707-1.771	0.189	131	0.14	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.771-1.843	0.159	126	0.146	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.6266
1.843-1.925	0.174	128	0.147	2435	X-RAY DIFFRACTION	99.961
1.925-2.019	0.197	133	0.141	2308	X-RAY DIFFRACTION	99.9181
2.019-2.128	0.169	90	0.139	2226	X-RAY DIFFRACTION	99.8276
2.128-2.257	0.138	124	0.137	2078	X-RAY DIFFRACTION	99.5029
2.257-2.413	0.148	110	0.136	1957	X-RAY DIFFRACTION	99.8069
2.413-2.606	0.191	108	0.153	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.6416
2.606-2.854	0.182	86	0.156	1705	X-RAY DIFFRACTION	99.6661
2.854-3.191	0.181	88	0.154	1530	X-RAY DIFFRACTION	99.5692
3.191-3.683	0.161	69	0.148	1364	X-RAY DIFFRACTION	99.7911
3.683-4.508	0.128	70	0.122	1146	X-RAY DIFFRACTION	99.1035
4.508-6.361	0.141	69	0.141	875	X-RAY DIFFRACTION	98.8482
6.361-35.7	0.162	33	0.162	517	X-RAY DIFFRACTION	98.2143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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