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万見
- PDB-7bbt: Structure of cytochrome c in complex with a p-benzyl-sulfonato-ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbt
タイトルStructure of cytochrome c in complex with a p-benzyl-sulfonato-calix[8]arene-PEG pseudorotaxane
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / extended-arm / molecular recognition / biohybrid / alpha-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-T8W / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.023 Å
データ登録者Mockler, N.M. / Ramberg, K. / Guagnini, F. / Raston, C.L. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2021
タイトル: Noncovalent Protein-Pseudorotaxane Assembly Incorporating an Extended Arm Calix[8]arene with alpha-Helical Recognition Properties.
著者: Mockler, N.M. / Ramberg, K.O. / Guagnini, F. / Raston, C.L. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c iso-1
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,77812
ポリマ－48,1674
非ポリマー10,6118
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.851, 70.215, 70.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-T8W / 4-[[49,50,51,52,53,54,55,56-octahydroxy-11,17,23,29,35,41,47-heptakis[(4-sulfonatophenyl)methyl]-5-nonacyclo[43.3.1.13,7.19,13.115,19.121,25.127,31.133,37.139,43]hexapentaconta-1(49),3,5,7(56),9,11,13(55),15,17,19(54),21,23,25(53),27,29,31(52),33,35,37(51),39,41,43(50),45,47-tetracosaenyl]methyl]benzenesulfonate / p-benzyl-sulfonato-calix[8]arene-PEG pseudorotaxane


分子量: 2202.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C112H88O32S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350 200mM Ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→50.57 Å / Num. obs: 10928 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 90.54 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.241 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 73389 / Scaling rejects: 2369
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.02-3.196.11.1531009316500.8550.5041.262399.8
9.56-50.575.20.0619893820.9950.0290.06714.698.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RSL

6rsl


解像度: 3.023→50.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.479
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2606 502 4.63 %RANDOM
Rwork0.2334 ---
obs0.2346 10831 95.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.35 Å2 / Biso mean: 75.3 Å2 / Biso min: 26.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--34.7443 Å20 Å2-9.2754 Å2
2--14.8287 Å20 Å2
3---19.9156 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.023→50.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 715 40 4119
Biso mean--76.48 54.66 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1551SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1166HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4252HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion431SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2974SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4252HARMONIC20.005
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5824HARMONIC20.65
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.11
LS精密化 シェル解像度: 3.023→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3209 18 4.15 %
Rwork0.2646 416 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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