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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b7g | ||||||
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タイトル | BAZ2A bromodomain in complex with compounds MS04 and B11 | ||||||
要素 | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.428 Å | ||||||
データ登録者 | Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Sedykh, M. / Caflisch, A. / Lolli, G. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022 タイトル: Identification of a BAZ2A-Bromodomain Hit Compound by Fragment Growing. 著者: Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Batiste, L. / Marchand, J.R. / Spiliotopoulos, D. / Corsi, J. / D'Agostino, V.G. / Caflisch, A. / Lolli, G. #1: ジャーナル: ACS Bio Med Chem Au / 年: 2021 タイトル: Identification of a BAZ2A Bromodomain Hit Compound by Fragment Joining 著者: Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Corsi, J. / Sedykh, M. / D'Agostino, V.G. / Caflisch, A. / Lolli, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b7g.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b7g.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b7g_validation.pdf.gz | 963.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b7g_full_validation.pdf.gz | 964.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7b7g_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b7g_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7b7bC 7b7iC 7b82C 7bc2C 7qvtC 7qvuC 7qvvC 7qwfC 7qwuC 7qwyC 7qx2C 7qx9C 7qxlC 7qyeC 7qyoC 7qytC 7qyuC 7qyvC 7qywC 7qz0C 7qz4C 7qzbC 7qzcC 7qziC 7qztC 7r01C 7r0bC 5mgjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12363.872 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 1796-1899) / 変異: E1845H, L1848S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9 |
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#2: 化合物 | ChemComp-T1B / |
#3: 化合物 | ChemComp-T1E / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 % / Mosaicity: 0.15 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.428→37.761 Å / Num. obs: 18149 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 17.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5mgj 解像度: 1.428→37.761 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 46.68 Å2 / Biso mean: 17.6849 Å2 / Biso min: 7.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.428→37.761 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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