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- PDB-7awe: HUMAN IMMUNOPROTEASOME 20S PARTICLE IN COMPLEX WITH [(1R)-2-(1-be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7awe
タイトルHUMAN IMMUNOPROTEASOME 20S PARTICLE IN COMPLEX WITH [(1R)-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-{[(1S,2R,4R)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]formamido}ethyl]boronic acid
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / MULTICATALYTIC PROTEINASE / 20S PROTEASOME / PROTEASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatoproteasome complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome core complex / Somitogenesis / antigen processing and presentation / fat cell differentiation / myofibril ...spermatoproteasome complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome core complex / Somitogenesis / antigen processing and presentation / fat cell differentiation / myofibril / humoral immune response / immune system process / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / T cell proliferation / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / sarcomere / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / lipopolysaccharide binding / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Activation of NF-kappaB in B cells / P-body / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / G2/M Checkpoints / Defective CFTR causes cystic fibrosis / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / : / MAPK6/MAPK4 signaling / cell morphogenesis / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / response to virus / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ABC-family proteins mediated transport / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Interferon alpha/beta signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / secretory granule lumen / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / Ub-specific processing proteases / ciliary basal body / cilium / ribosome / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 ...Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S5K / THIOCYANATE ION / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta type-9 ...Chem-S5K / THIOCYANATE ION / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Musil, D. / Klein, M.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: M3258 Is a Selective Inhibitor of the Immunoproteasome Subunit LMP7 ( beta 5i) Delivering Efficacy in Multiple Myeloma Models.
著者: Sanderson, M.P. / Friese-Hamim, M. / Walter-Bausch, G. / Busch, M. / Gaus, S. / Musil, D. / Rohdich, F. / Zanelli, U. / Downey-Kopyscinski, S.L. / Mitsiades, C.S. / Schadt, O. / Klein, M. / Esdar, C.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-6
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-7
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-1
G: Proteasome subunit alpha type-3
H: Proteasome subunit beta type-9
I: Proteasome subunit beta type-10
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-2
L: Proteasome subunit beta type-8
M: Proteasome subunit beta type-1
N: Proteasome subunit beta type-4
O: Proteasome subunit alpha type-6
P: Proteasome subunit alpha type-2
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-7
S: Proteasome subunit alpha type-5
T: Proteasome subunit alpha type-1
U: Proteasome subunit alpha type-3
V: Proteasome subunit beta type-9
W: Proteasome subunit beta type-10
X: Proteasome subunit beta type-3
Y: Proteasome subunit beta type-2
Z: Proteasome subunit beta type-8
a: Proteasome subunit beta type-1
b: Proteasome subunit beta type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)695,59056
ポリマ－693,33628
非ポリマー2,25428
水25,1311395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.471, 206.048, 162.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / 27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota ...27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota chain / Proteasome iota chain


分子量: 26941.902 Da / 分子数: 2 / 断片: 20S CORE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60900
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit C3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C3 / Proteasome component C3


分子量: 25367.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25787
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / ...Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / Proteasome subunit L


分子量: 28892.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25789
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit RC6-1 / Proteasome subunit XAPC7


分子量: 26623.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14818
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain zeta chain / Multicatalytic endopeptidase complex zeta chain / Proteasome zeta chain


分子量: 25293.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28066
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / 30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex ...30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C2 / Proteasome component C2 / Proteasome nu chain


分子量: 26503.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25786
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit C8 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C8 / Proteasome component C8


分子量: 26999.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25788

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-9 / Low molecular mass protein 2 / Macropain chain 7 / Multicatalytic endopeptidase complex chain 7 / ...Low molecular mass protein 2 / Macropain chain 7 / Multicatalytic endopeptidase complex chain 7 / Proteasome chain 7 / Proteasome subunit beta-1i / Really interesting new gene 12 protein


分子量: 21295.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28065, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-10 / Low molecular mass protein 10 / Macropain subunit MECl-1 / Multicatalytic endopeptidase complex ...Low molecular mass protein 10 / Macropain subunit MECl-1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit MECl-1 / Proteasome MECl-1 / Proteasome subunit beta-2i


分子量: 23428.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40306, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome chain 13 / Proteasome component C10-II / Proteasome theta chain


分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit C7-I / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C7-I / Proteasome component C7-I


分子量: 22462.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-8 / Low molecular mass protein 7 / Macropain subunit C13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit ...Low molecular mass protein 7 / Macropain subunit C13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C13 / Proteasome component C13 / Proteasome subunit beta-5i / Really interesting new gene 10 protein


分子量: 22557.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28062, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / ...Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / Proteasome gamma chain


分子量: 23578.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / 26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex ...26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex beta chain / Proteasome beta chain / Proteasome chain 3 / HsN3


分子量: 23881.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 4種, 1423分子

#15: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#16: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#17: 化合物
ChemComp-S5K / [(1R)-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-{[(1S,2R,4R)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]formamido}ethyl]boronic acid / [(1~{R})-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-[[(1~{S},2~{R},4~{R})-7-oxabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]carbonylamino]ethyl]boronic acid / [(1R)-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-{[(1S,2R,4R)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]formamido}ethyl]boronic acid / ((R)-2-(benzofuran-3-yl)-1-((1S,2R,4R)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxamido)ethyl)boronic acid / [(1R)-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-[[(1S,2R,4R)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]carbonylamino]ethyl]boronic acid


分子量: 329.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20BNO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 42 % MPD, 0.20 M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→155.95 Å / Num. obs: 211175 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.24 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.288→2.567 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 10559 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.922 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (18-SEP-2020)精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.288→155.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.977 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.801 / SU Rfree Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 -4.85 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1794 211175 94.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 201.29 Å2 / Biso mean: 61.84 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4751 Å20 Å21.0159 Å2
2--4.0387 Å20 Å2
3----1.5636 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.288→155.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48302 0 142 1395 49839
Biso mean--55.62 47.85 -
残基数----6217
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17377SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes8425HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it49302HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6460SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact39104SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d49302HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg66606HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.31
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 -4.9 %
Rwork0.2073 4017 -
all0.2098 --

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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