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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7atg | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Z-DNA in complex with putrescinium and potassium cations at ultrahigh-resolution | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / dual-conformation backbone / putrescinium cation / biogenic polyamines / potassium complex | 機能・相同性 | 4-azaniumylbutylazanium / : / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.6 Å | データ登録者 | Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | 資金援助 | ポーランド, 1件 |
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 2021 | タイトル: Crystal structure of Z-DNA in complex with the polyamine putrescine and potassium cations at ultra-high resolution. 著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7atg.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7atg.ent.gz | 21.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7atg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7atg_validation.pdf.gz | 761.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7atg_full_validation.pdf.gz | 761.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7atg_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7atg_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4higS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m37atg / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / | #3: 化合物 | ChemComp-58I / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.6 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10%(v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM KCl, 12 mM NaCl, 14 mM putrescinium dichloride |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 0.6→25.33 Å / Num. obs: 107989 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 5.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Rrim(I) all: 0.027 / Χ2: 1.143 / Net I/σ(I): 29.84 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0.6→0.61 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 1973 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.368 / % possible all: 22.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4hig 解像度: 0.6→25.33 Å / Num. parameters: 3962 / Num. restraintsaints: 4374 / 交差検証法: FREE R-VALUE 詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE. CONFORMATION-DEPENDENT GEOMETRICAL RESTRAINTS ON BOND LENGTHS AND BOND ANGLES FOR POLYNUCLEOTIDE CHAINS WERE GENERATED USING THE RESTRAINTLIB SERVER: http://achesym.ibch.poznan.pl/restraintlib/
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 36.87 Å2 / Biso mean: 6.26 Å2 / Biso min: 2.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 141.29 / Occupancy sum non hydrogen: 333.73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.6→25.33 Å
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拘束条件 |
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