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万見
- PDB-7aei: Studies Towards a Reversible EGFR C797S Triple Mutant Inhibitor Series -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aei
タイトルStudies Towards a Reversible EGFR C797S Triple Mutant Inhibitor Series
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードCELL CYCLE / EGFR
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R85 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hargreaves, D.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2019
タイトル: Abstract 4451: Evaluation of the therapeutic potential of phosphine oxide pyrazole inhibitors in tumors harboring EGFR C797S mutation
著者: Floch, N. / Finlay, M.R.V. / Bianco, A. / Bickerton, S. / Colclough, N. / Cross, D.A. / Cuomo, E.M. / Guerot, C.M. / Hargreaves, D. / Martin, M.J. / McKerrecher, D. / O'Neill, D.J. / Orme, J. ...著者: Floch, N. / Finlay, M.R.V. / Bianco, A. / Bickerton, S. / Colclough, N. / Cross, D.A. / Cuomo, E.M. / Guerot, C.M. / Hargreaves, D. / Martin, M.J. / McKerrecher, D. / O'Neill, D.J. / Orme, J.P. / Rahi, A. / Smith, P.D. / Ward, R.A.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0572
ポリマ－37,4481
非ポリマー6091
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.650, 145.650, 145.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37448.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-R85 / 5-chloranyl-~{N}2-[4-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-2-methoxy-5-(1-methylpyrazol-4-yl)phenyl]-~{N}4-(2-dimethylphosphorylphenyl)pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 609.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38ClN8O2P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 % / 解説: rhombohedral crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Trisodium citrate 0.68M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9898 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.06 Å / Num. obs: 15041 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 109.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 128862
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.935 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 9128 / Num. unique obs: 1088 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 0.996 / Net I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house

解像度: 2.65→46.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.256
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 752 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 15041 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 200.06 Å2 / Biso mean: 94.79 Å2 / Biso min: 52.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 42 11 2581
Biso mean--97.17 84.7 -
残基数----315
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d935SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2637HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion334SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2880SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2637HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3569HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.83
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3507 20 4.91 %
Rwork0.3323 387 -
all0.3333 407 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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