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- PDB-7a0s: 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0s
タイトル50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • RNA (122-MER)
  • RNA (2732-MER)
キーワードANTIBIOTIC / Complex / NPET / Macrolide / A2058
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / : / mycinamicin I / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...ETHANOL / : / mycinamicin I / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Breiner, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322581
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Ribosome-binding and anti-microbial studies of the mycinamicins, 16-membered macrolide antibiotics from Micromonospora griseorubida.
著者: Breiner-Goldstein, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Baum, M. / Rokney, A. / Ezernitchi, A.V. / Lowell, A.N. / Schmidt, J.J. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. ...著者: Breiner-Goldstein, E. / Eyal, Z. / Matzov, D. / Halfon, Y. / Cimicata, G. / Baum, M. / Rokney, A. / Ezernitchi, A.V. / Lowell, A.N. / Schmidt, J.J. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Valinsky, L. / Anzai, Y. / Sherman, D.H. / Yonath, A.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: RNA (2732-MER)
Y: RNA (122-MER)
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,337,466416
ポリマ－1,325,89128
非ポリマー11,575388
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.995, 410.736, 697.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 RNA (2732-MER)


分子量: 933429.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 1026245073
#2: RNA鎖 RNA (122-MER)


分子量: 39605.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 11612676

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ123

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29976.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22033.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK2
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 19992.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18266.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15966.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXY1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ2
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14798.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSK9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15543.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ5
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 12926.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 11098.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL2
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 18347.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RWB4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13860.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 10980.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY64
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10336.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11770.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 19184.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RX88
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY65
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8148.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RRG8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7073.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ4
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6579.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: P49228
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5771.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSS4
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSH2
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7130.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW6

-
非ポリマー , 8種, 388分子

#29: 化合物 ChemComp-QU2 / mycinamicin I / (1~{R},2~{R},3~{R},6~{E},8~{S},9~{S},10~{S},12~{R},14~{E},16~{R})-2-[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-3,4-dimethoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxymethyl]-9-[(2~{S},3~{R},4~{S},6~{R})-4-(dimethylamino)-6-methyl-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-ethyl-8,10,12-trimethyl-4,17-dioxabicyclo[14.1.0]heptadeca-6,14-diene-5,13-dione


分子量: 711.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H61NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#31: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#32: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#33: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#34: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#35: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#36: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2- ...詳細: Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
PH範囲: 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→50 Å / Num. obs: 389019 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.884 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 1739141
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.21-3.274.51.574193430.4480.8231.7841.03299.6
3.27-3.324.51.391193490.5040.7251.5751.04999.7
3.32-3.394.51.206193190.5860.6271.3651.06299.8
3.39-3.464.51.049193860.6690.5451.1871.09899.8
3.46-3.534.50.965193310.6950.5031.0931.13899.8
3.53-3.624.50.806193840.7620.4210.9131.1699.8
3.62-3.714.30.72191440.8010.3870.8211.22998.7
3.71-3.814.50.582193880.8720.3010.6581.27699.8
3.81-3.924.70.475194230.9120.2420.5351.30499.9
3.92-4.044.40.408194510.9270.2160.4641.39499.9
4.04-4.194.60.344194040.9490.1760.3881.51499.9
4.19-4.364.80.276194730.9680.1370.3091.66299.9
4.36-4.554.80.236194840.9740.1170.2651.80899.9
4.55-4.794.70.203194880.9780.1020.2282.07999.9
4.79-5.094.60.175194890.9820.0890.1972.33499.8
5.09-5.494.20.149194420.9830.080.172.66899.2
5.49-6.044.40.13195470.9870.0670.1472.93499.6
6.04-6.914.40.114195550.9880.0590.133.21199.6
6.91-8.74.30.093197200.990.0480.1053.82699.6
8.7-503.80.064198990.9950.0380.0754.56898.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIO

3pio


解像度: 3.22→49.67 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 19317 4.97 %
Rwork0.2237 369323 -
obs0.2252 388640 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 320.64 Å2 / Biso mean: 134.8461 Å2 / Biso min: 49.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.22→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23414 60533 539 0 84486
Biso mean--100.28 --
残基数----5920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.22-3.250.40525550.3819106381119386
3.25-3.290.38686490.36671229912948100
3.29-3.330.35156040.35721237212976100
3.33-3.370.36286810.35661224312924100
3.37-3.420.3786260.34641236812994100
3.42-3.460.36656340.33481228912923100
3.46-3.510.3396290.33251229412923100
3.51-3.570.32016670.3081231912986100
3.57-3.620.34096160.29491236712983100
3.62-3.680.3066330.2811121511278499
3.68-3.750.30226170.2672122451286299
3.75-3.810.296720.25361231512987100
3.81-3.890.28546290.24731239713026100
3.89-3.970.27545940.23971239612990100
3.97-4.050.26246500.231237313023100
4.05-4.150.24566370.21561237213009100
4.15-4.250.23946170.2051237112988100
4.25-4.370.2516570.20321239013047100
4.37-4.490.22746200.20021237812998100
4.49-4.640.23726170.20011240113018100
4.64-4.80.22456780.19341238713065100
4.8-50.21686650.18261239413059100
5-5.220.21216620.17991235513017100
5.22-5.50.20136710.1778123121298399
5.5-5.840.2376240.18341243013054100
5.84-6.290.21886830.1876123931307699
6.29-6.920.23687110.19071242713138100
6.92-7.920.2277060.18521247613182100
7.92-9.970.23296520.202125571320999
9.97-49.670.22256610.2068126141327597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45540.02940.01120.3097-0.0660.6562-0.06880.27540.1463-0.17720.06210.082-0.16430.14320.02550.547-0.2349-0.14382.17520.1970.480140.9725544.8278114.7711
20.0071-0.0570.03050.4621-0.17920.21130.02910.03390.0313-0.4613-0.1696-0.31140.01740.62520.14111.6747-0.17760.18693.65410.05940.954387.1495520.766733.7954
30.18990.27110.11721.16120.04120.169-0.0089-0.11820.2794-0.08410.0612-0.2865-0.1177-0.1463-0.05211.0672-0.5595-0.08631.91440.12461.029262.3117595.9091136.7098
40.46330.1696-0.10081.1286-0.19950.6562-0.0532-0.0723-0.27350.04770.0636-0.08670.12820.0668-0.00080.5403-0.01720.00232.10780.03320.661747.3582489.6091151.0791
50.1036-0.12350.12130.56910.09590.27510.26070.2202-0.1478-0.4207-0.05910.54270.0882-0.2659-0.17511.0874-0.1758-0.38392.67590.39741.1988-10.0706551.13877.2672
62.37340.13980.61771.8399-0.6880.4473-0.05280.2654-0.04120.045-0.6707-0.6187-0.21620.46260.71561.5852-0.33120.04284.29290.45361.4195118.7139546.098439.2601
70.9184-0.2389-0.29161.1014-0.3630.66450.0840.5764-0.5503-0.73550.02220.0970.44410.6339-0.10531.68820.44890.00552.399-0.43341.077782.1893459.5251116.3378
80.78470.25250.47110.6628-0.22850.5310.15710.2009-0.14580.0630.0320.08970.40520.2184-0.19580.907-0.15390.05732.0659-0.14190.678837.9955477.1317108.9169
90.7835-0.10970.35890.4686-0.06610.20620.0323-0.0491-0.14030.0799-0.0205-0.20940.0007-0.011-0.01490.54260.0906-0.0372.12860.15660.696983.7017511.9999158.6134
100.0398-0.096-0.0930.22660.21940.21290.29180.29330.068-0.5539-0.12890.3615-0.135-0.0885-0.16651.5715-0.0852-0.39372.79060.41951.037419.6696558.78256.9172
110.09770.0117-0.14890.5509-0.37720.4616-0.1266-0.0741-0.0074-0.40030.144-0.18150.63370.4282-0.01491.42650.07590.06953.5531-0.03780.889488.6438507.998580.4336
120.7720.09130.12020.2411-0.01660.0229-0.065-0.2534-0.00780.06130.1047-0.04810.01170.0096-0.04280.48340.02950.0141.94150.11260.555423.9383517.8779173.4621
130.0026-0.00010.00710.29830.02120.02060.06470.04490.0031-0.5964-0.1774-0.0714-0.0946-0.08660.10882.3495-0.20590.08283.16790.29950.849480.8737541.949217.1753
141.64390.4815-0.27740.96370.1710.1754-0.0592-0.3055-0.24170.04180.0754-0.31280.01950.1235-0.02640.58360.03680.03032.29460.18890.675765.246505.2842178.3013
150.13320.05850.16210.3928-0.35320.6857-0.01360.5311-0.1094-0.4930.18420.08320.34150.2759-0.20261.0298-0.246-0.22682.3165-0.1770.765420.6119495.063890.506
161.72180.95461.27012.59341.21871.0640.16830.2692-0.3966-0.5671-0.12480.46750.0766-0.1827-0.05811.1785-0.4163-0.25642.6504-0.190.95418.8116491.007278.404
170.685-0.62540.30260.79-0.21190.15250.13740.0437-0.0562-0.32030.03770.48430.2178-0.0381-0.15760.6544-0.2011-0.17522.04080.14820.7764-1.8431517.6091133.5706
180.7085-0.13650.0491.76410.83581.7223-0.1644-0.0189-0.1309-0.0507-0.11341.0693-0.6347-0.71150.271.10770.5190.00171.96990.23061.4435-4.9116573.9686153.6052
190.56560.3768-0.74632.2466-0.61951.06870.1923-0.1129-0.1801-0.0446-0.12410.5468-0.14040.1509-0.06780.92660.1965-0.33852.66240.1761.3165-34.948550.4429117.7267
201.1690.35640.28680.58310.2090.7605-0.01730.5677-0.2713-0.53940.0478-0.1989-0.06480.3586-0.02531.93530.39650.2333.6024-0.30381.222494.4963490.850557.2931
210.195-0.2716-0.2270.74310.01281.91360.1446-0.0120.0258-0.48110.031-0.04370.31630.1987-0.1681.5663-0.27670.03422.8540.08160.729863.7457534.466847.8364
220.861-0.2495-0.0290.7590.2310.43930.22910.60040.5532-0.0537-0.2681-0.1221-0.73730.07050.04241.8254-0.3718-0.33941.94980.81711.411138.6988598.177196.7469
231.01540.6043-0.47820.3696-0.20011.21410.0619-0.24070.12370.01290.17390.2151-0.1812-0.2957-0.23591.26220.3019-0.06432.55-0.10111.8693-20.7919581.6707139.6217
240.3088-0.3050.1180.3396-0.17490.13410.2345-0.0023-0.1712-0.42980.10930.10250.1726-0.0974-0.34241.4816-0.2573-0.1962.9018-0.17480.815740.0437502.262859.7295
250.77050.0790.87781.1938-0.10451.0320.21330.01770.11950.12820.01570.48990.1616-0.9349-0.22720.5542-0.0652-0.03891.73060.09540.794912.5086510.4991145.8751
260.3485-0.1543-0.16580.1961-0.05780.4123-0.29080.27690.08680.01310.0172-0.04380.37410.31850.26981.8467-0.24650.14973.21280.47851.046171.2029571.873750.8121
271.20870.28690.98680.2353-0.09832.0308-0.04070.20060.2636-0.20720.1030.26680.09090.0801-0.05990.94660.1317-0.22671.81780.24450.868120.3891570.6519126.6845
280.27940.3209-0.37080.5925-0.26520.6069-0.25290.09310.0843-0.2559-0.1759-0.1734-0.00740.11190.41591.4791-0.3554-0.15992.98010.52080.930142.0876558.681961.2014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'X' and resid 1 through 2877)X1 - 2877
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'Y' and resid 2 through 123)Y2 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 2 through 273)A2 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 1 through 206)B1 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 1 through 196)C1 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'D' and resid 3 through 179)D3 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'E' and resid 5 through 175)E5 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'G' and resid 30 through 171)G30 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'H' and resid 1 through 134)H1 - 134
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'I' and resid 1 through 137)I1 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'J' and resid 6 through 140)J6 - 140
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'K' and resid 1 through 115)K1 - 115
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'L' and resid 8 through 111)L8 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'M' and resid 2 through 119)M2 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'N' and resid 2 through 118)N2 - 118
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'O' and resid 1 through 98)O1 - 98
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'P' and resid 6 through 134)P6 - 134
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'Q' and resid 2 through 93)Q2 - 93
19X-RAY DIFFRACTION19(chain 'R' and resid 4 through 113)R4 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20(chain 'S' and resid 1 through 175)S1 - 175
21X-RAY DIFFRACTION21(chain 'T' and resid 10 through 83)T10 - 83
22X-RAY DIFFRACTION22(chain 'U' and resid 6 through 79)U6 - 79
23X-RAY DIFFRACTION23(chain 'V' and resid 13 through 66)V13 - 66
24X-RAY DIFFRACTION24(chain 'W' and resid 1 through 55)W1 - 55
25X-RAY DIFFRACTION25(chain 'Z' and resid 3 through 59)Z3 - 59
26X-RAY DIFFRACTION26(chain '1' and resid 6 through 54)16 - 54
27X-RAY DIFFRACTION27(chain '2' and resid 1 through 46)21 - 46
28X-RAY DIFFRACTION28(chain '3' and resid 2 through 64)32 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る