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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7970 | |||||||||
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タイトル | E.coli RF1 bound to E.coli 70S ribosome in response to UAU sense A-site codon | |||||||||
マップデータ | E.coli RF1 bound to E.coli 70S ribosome in response to UAU sense A-site codon | |||||||||
試料 |
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キーワード | RF1 / ribosome / sense codon / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation release factor activity, codon specific / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Svidritskiy E / Demo G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018 タイトル: Mechanism of premature translation termination on a sense codon. 著者: Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Andrei A Korostelev / 要旨: Accurate translation termination by release factors (RFs) is critical for the integrity of cellular proteomes. Premature termination on sense codons, for example, results in truncated proteins, whose ...Accurate translation termination by release factors (RFs) is critical for the integrity of cellular proteomes. Premature termination on sense codons, for example, results in truncated proteins, whose accumulation could be detrimental to the cell. Nevertheless, some sense codons are prone to triggering premature termination, but the structural basis for this is unclear. To investigate premature termination, we determined a cryo-EM structure of the 70S ribosome bound with RF1 in response to a UAU (Tyr) sense codon. The structure reveals that RF1 recognizes a UAU codon similarly to a UAG stop codon, suggesting that sense codons induce premature termination because they structurally mimic a stop codon. Hydrophobic interaction between the nucleobase of U3 (the third position of the UAU codon) and conserved Ile-196 in RF1 is important for misreading the UAU codon. Analyses of RNA binding in ribonucleoprotein complexes or by amino acids reveal that Ile-U packing is a frequent protein-RNA-binding motif with key functional implications. We discuss parallels with eukaryotic translation termination by the release factor eRF1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7970.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7970-v30.xml emd-7970.xml | 75 KB 75 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7970.png | 85.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7970.cif.gz | 14.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7970 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7970_validation.pdf.gz | 467.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7970_full_validation.pdf.gz | 466.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7970_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7970_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7970 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7970 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E.coli RF1 bound to E.coli 70S ribosome in response to UAU sense A-site codon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.927 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : RF1 bound to the 70S ribosome in response to sense UAU A-site codon
+超分子 #1: RF1 bound to the 70S ribosome in response to sense UAU A-site codon
+超分子 #2: Peptide chain release factor 1
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 23S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: tRNA(fMet)
+分子 #37: mRNA
+分子 #5: 50S ribosomal protein L1
+分子 #6: 50S ribosomal protein L2
+分子 #7: 50S ribosomal protein L3
+分子 #8: 50S ribosomal protein L4
+分子 #9: 50S ribosomal protein L5
+分子 #10: 50S ribosomal protein L6
+分子 #11: 50S ribosomal protein L9
+分子 #12: 50S ribosomal protein L10
+分子 #13: 50S ribosomal protein L11
+分子 #14: 50S ribosomal protein L13
+分子 #15: 50S ribosomal protein L14
+分子 #16: 50S ribosomal protein L15
+分子 #17: 50S ribosomal protein L16
+分子 #18: 50S ribosomal protein L17
+分子 #19: 50S ribosomal protein L18
+分子 #20: 50S ribosomal protein L19
+分子 #21: 50S ribosomal protein L20
+分子 #22: 50S ribosomal protein L21
+分子 #23: 50S ribosomal protein L22
+分子 #24: 50S ribosomal protein L23
+分子 #25: 50S ribosomal protein L24
+分子 #26: 50S ribosomal protein L25
+分子 #27: 50S ribosomal protein L27
+分子 #28: 50S ribosomal protein L28
+分子 #29: 50S ribosomal protein L29
+分子 #30: 50S ribosomal protein L30
+分子 #31: 50S ribosomal protein L31
+分子 #32: 50S ribosomal protein L32
+分子 #33: 50S ribosomal protein L33
+分子 #34: 50S ribosomal protein L34
+分子 #35: 50S ribosomal protein L35
+分子 #36: 50S ribosomal protein L36
+分子 #38: Peptide chain release factor 1
+分子 #39: 30S ribosomal protein S2
+分子 #40: 30S ribosomal protein S3
+分子 #41: 30S ribosomal protein S4
+分子 #42: 30S ribosomal protein S5
+分子 #43: 30S ribosomal protein S6
+分子 #44: 30S ribosomal protein S7
+分子 #45: 30S ribosomal protein S8
+分子 #46: 30S ribosomal protein S9
+分子 #47: 30S ribosomal protein S10
+分子 #48: 30S ribosomal protein S11
+分子 #49: 30S ribosomal protein S12
+分子 #50: 30S ribosomal protein S13
+分子 #51: 30S ribosomal protein S14
+分子 #52: 30S ribosomal protein S15
+分子 #53: 30S ribosomal protein S16
+分子 #54: 30S ribosomal protein S17
+分子 #55: 30S ribosomal protein S18
+分子 #56: 30S ribosomal protein S19
+分子 #57: 30S ribosomal protein S20
+分子 #58: 30S ribosomal protein S21
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NH4Cl, 20.5 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM beta-mercaptoethanol | ||||||||||||
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: PELCO easiGlow glow discharge unit, negative 20 mA. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-42 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3963 / 平均電子線量: 0.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 22000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 200 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6dnc: |