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- EMDB-75868: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Lab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75868
タイトルRabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
マップデータRabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
試料
  • 複合体: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase A
  • リガンド: water
キーワードLyase / Glycolysis / Fructose-bisphosphate aldolase / Carbon-carbon lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Enos SE / Cook BD / Rahmani H / Narehood SM / Li Y / Kuschnerus IC / Redford HT / Dukakis P / Ji D / Bachochin MJ ...Enos SE / Cook BD / Rahmani H / Narehood SM / Li Y / Kuschnerus IC / Redford HT / Dukakis P / Ji D / Bachochin MJ / Grotjahn DA / Herzik MA
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM138206 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD032471 米国
Other privateSearle Scholars 米国
Other privateCottrell Scholars 米国
Other privateGeorge W. and Carol A. Lattimer Faculty Research Fellowship 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: A Surfactant Cocktail Overcomes Air-Water Interface Artifacts in Single-Particle CryoEM.
著者: Suzanne E Enos / Brian D Cook / Hamidreza Rahmani / Sarah M Narehood / Yizhou Li / Inga C Kuschnerus / Trevor H Redford / Peter Dukakis / Daniel Ji / Maxwell J Bachochin / Danielle A Grotjahn / Mark A Herzik
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) is a widely used technique for structure determination of biomacromolecules to near-atomic resolution. Random distributions of these molecules ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) is a widely used technique for structure determination of biomacromolecules to near-atomic resolution. Random distributions of these molecules in vitrified ice are necessary to accumulate enough two-dimensional views to generate a complete three-dimensional (3-D) reconstruction. However, interactions between the sample and the air-water interface (AWI) that occur during vitrification often bias the views of the sample, a phenomenon termed preferred orientation, limiting our ability to obtain 3-D reconstructions. Surfactants are often used as sample additives to prevent AWI-induced deterioration, but no general strategy exists for surfactant choice, requiring laborious screening for each sample. To circumvent these issues, we developed SurfACT, a cocktail of diverse surfactants with distinct physicochemical properties that limits AWI-dependent sample denaturation and orientation bias, while mitigating individual surfactant-specific drawbacks. Here we demonstrate SurfACT's effectiveness with four proteins plagued by AWI-induced issues, including two species of hemagglutinin (HA), molybdenum-iron protein (MoFeP) from the nitrogenase enzyme, and aldolase. All four samples show drastically improved viewing distribution and map completeness when SurfACT is applied. Cryogenic electron tomography demonstrates that SurfACT redistributes particles from the AWI into the bulk ice, driving signal recovery and inhibiting denaturation. This versatile sample additive minimizes sample-specific screening and expands the capabilities and range of suitable samples for cryoEM.
履歴
登録2026年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 384 pix.
= 282.24 Å		0.74 Å/pix.
x 384 pix.
= 282.24 Å		0.74 Å/pix.
x 384 pix.
= 282.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.735 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0551
最小 - 最大-0.17114137 - 0.26018435
平均 (標準偏差)0.0001276117 (±0.0076995664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 282.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_75868_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry)...

ファイルemd_75868_additional_1.map
注釈Unsharpened map of Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Phenix RESOLVE modified EM map of Rabbit muscle...

ファイルemd_75868_additional_2.map
注釈Phenix RESOLVE modified EM map of Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of Rabbit muscle Aldolase determined...

ファイルemd_75868_half_map_1.map
注釈Half map A of Rabbit muscle Aldolase determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT; C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of Rabbit muscle Aldolase determined...

ファイルemd_75868_half_map_2.map
注釈Half map B of Rabbit muscle Aldolase determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT; C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Lab...

全体名称: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
要素
  • 複合体: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase A
  • リガンド: water

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超分子 #1: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Lab...

超分子名称: Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Fructose-bisphosphate aldolase A

分子名称: Fructose-bisphosphate aldolase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 37.302602 KDa
配列文字列: HSHPALTPEQ KKELSDIAHR IVAPGKGILA ADESTGSIAK RLQSIGTENT EENRRFYRQL LLTADDRVNP CIGGVILFHE TLYQKADDG RPFPQVIKSK GGVVGIKVDK GVVPLAGTNG ETTTQGLDGL SERCAQYKKD GADFAKWRCV LKIGEHTPSA L AIMENANV ...文字列:
HSHPALTPEQ KKELSDIAHR IVAPGKGILA ADESTGSIAK RLQSIGTENT EENRRFYRQL LLTADDRVNP CIGGVILFHE TLYQKADDG RPFPQVIKSK GGVVGIKVDK GVVPLAGTNG ETTTQGLDGL SERCAQYKKD GADFAKWRCV LKIGEHTPSA L AIMENANV LARYASICQQ NGIVPIVEPE ILPDGDHDLK RCQYVTEKVL AAVYKALSDH HIYLEGTLLK PNMVTPGHAC TQ KYSHEEI AMATVTALRR TVPPAVTGVT FLSGGQSEEE ASINLNAINK CPLLKPWALT FSYGRALQAS ALKAWGGKKE NLK AAQEEY VKRALANSLA CQGKYTP

UniProtKB: Fructose-bisphosphate aldolase A

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1161 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaClSodium Chloride
0.05 %w/vC32H58N2O8SCHAPSO
0.0048 %w/vC20H25F13O11FOM
0.25 %w/v(C6.2H10.3O1.35N0.65Na0.35)72Amphipol A8-35
0.06 %w/v(C2H4O)nC12H26OBrij-35
グリッドモデル: Quantifoil Active R1.2/0.8 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: SPT LABTECH CHAMELEON
詳細: Samples were frozen with the SPT Labtech chameleon.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 755 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-Initio Reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 33672
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6v20


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 51.1
得られたモデル

PDB-11np:
Rabbit muscle Aldolase (C1 symmetry) determined using the SPT Labtech chameleon (gold-coated grids) in the presence of 1x SurfACT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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