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- EMDB-7342: Cryo-EM structure of the Type 1 pilus rod -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7342
タイトルCryo-EM structure of the Type 1 pilus rod
マップデータCryo-EM structure of Type 1 pilus rod
試料
  • 複合体: Type 1 pilus
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードType 1 pili / helical rod / adhesive pili / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-1 fimbrial protein, A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zheng W / Wang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Functional role of the type 1 pilus rod structure in mediating host-pathogen interactions.
著者: Caitlin N Spaulding / Henry Louis Schreiber / Weili Zheng / Karen W Dodson / Jennie E Hazen / Matt S Conover / Fengbin Wang / Pontus Svenmarker / Areli Luna-Rico / Olivera Francetic / Magnus ...著者: Caitlin N Spaulding / Henry Louis Schreiber / Weili Zheng / Karen W Dodson / Jennie E Hazen / Matt S Conover / Fengbin Wang / Pontus Svenmarker / Areli Luna-Rico / Olivera Francetic / Magnus Andersson / Scott Hultgren / Edward H Egelman /
要旨: Uropathogenic (UPEC), which cause urinary tract infections (UTI), utilize type 1 pili, a chaperone usher pathway (CUP) pilus, to cause UTI and colonize the gut. The pilus rod, comprised of repeating ...Uropathogenic (UPEC), which cause urinary tract infections (UTI), utilize type 1 pili, a chaperone usher pathway (CUP) pilus, to cause UTI and colonize the gut. The pilus rod, comprised of repeating FimA subunits, provides a structural scaffold for displaying the tip adhesin, FimH. We solved the 4.2 Å resolution structure of the type 1 pilus rod using cryo-electron microscopy. Residues forming the interactive surfaces that determine the mechanical properties of the rod were maintained by selection based on a global alignment of sequences. We identified mutations that did not alter pilus production in vitro but reduced the force required to unwind the rod. UPEC expressing these mutant pili were significantly attenuated in bladder infection and intestinal colonization in mice. This study elucidates an unappreciated functional role for the molecular spring-like property of type 1 pilus rods in host-pathogen interactions and carries important implications for other pilus-mediated diseases.
履歴
登録2018年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月31日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c53
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6c53
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7342.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7342.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Type 1 pilus rod
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 134.4 Å		1.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 134.4 Å		1.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 134.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.031273674 - 0.033119403
平均 (標準偏差)-0.0097153885 (±0.008728606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 134.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z134.400134.400134.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0310.033-0.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type 1 pilus

全体名称: Type 1 pilus
要素
  • 複合体: Type 1 pilus
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 fimbrial protein, A chain

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超分子 #1: Type 1 pilus

超分子名称: Type 1 pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Type-1 fimbrial protein, A chain

分子名称: Type-1 fimbrial protein, A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 15.835243 KDa
配列文字列:
AATTVNGGTV HFKGEVVNAA CAVDAGSVDQ TVQLGQVRTA SLAQEGATSS AVGFNIQLND CDTNVASKAA VAFLGTAIDA GHTNVLALQ SSAAGSATNV GVQILDRTGA ALTLDGATFS SETTLNNGTN TIPFQARYFA TGAATPGAAN ADATFKVQYQ

UniProtKB: Type-1 fimbrial protein, A chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.7 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 115 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 72627
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6c53:
Cryo-EM structure of the Type 1 pilus rod

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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