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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7030 | |||||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus phage 80alpha procapsid | |||||||||
マップデータ | Capsid protein and C-terminal part of scaffolding protein in the Staphylococcus aureus phage 80alpha procapsid: clipped map used for model building and refinement in Coot and REFMAC | |||||||||
試料 |
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キーワード | major capsid protein / HK97-like fold / scaffolding protein / procapsid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4355 / Domain of unknown function (DUF4355) / viral scaffold / Phage capsid / Phage capsid family / viral capsid / Scaffold protein / Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kizziah JL / Dearborn AD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Competing scaffolding proteins determine capsid size during mobilization of pathogenicity islands. 著者: Altaira D Dearborn / Erin A Wall / James L Kizziah / Laura Klenow / Laura K Parker / Keith A Manning / Michael S Spilman / John M Spear / Gail E Christie / Terje Dokland / 要旨: pathogenicity islands (SaPIs), such as SaPI1, exploit specific helper bacteriophages, like 80α, for their high frequency mobilization, a process termed 'molecular piracy'. SaPI1 redirects the ... pathogenicity islands (SaPIs), such as SaPI1, exploit specific helper bacteriophages, like 80α, for their high frequency mobilization, a process termed 'molecular piracy'. SaPI1 redirects the helper's assembly pathway to form small capsids that can only accommodate the smaller SaPI1 genome, but not a complete phage genome. SaPI1 encodes two proteins, CpmA and CpmB, that are responsible for this size redirection. We have determined the structures of the 80α and SaPI1 procapsids to near-atomic resolution by cryo-electron microscopy, and show that CpmB competes with the 80α scaffolding protein (SP) for a binding site on the capsid protein (CP), and works by altering the angle between capsomers. We probed these interactions genetically and identified second-site suppressors of lethal mutations in SP. Our structures show, for the first time, the detailed interactions between SP and CP in a bacteriophage, providing unique insights into macromolecular assembly processes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7030.map.gz | 199.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7030-v30.xml emd-7030.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7030_fsc.xml | 26.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7030.png | 300.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7030.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_7030_additional.map.gz | 974.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7030 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7030 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Capsid protein and C-terminal part of scaffolding protein in the Staphylococcus aureus phage 80alpha procapsid: clipped map used for model building and refinement in Coot and REFMAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Capsid protein and C-terminal part of scaffolding protein...
ファイル | emd_7030_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Capsid protein and C-terminal part of scaffolding protein in the Staphylococcus aureus phage 80alpha procapsid: final map sharpened with a B-factor of 300 to 6 Angstrom resolution (cutoff at 3 Angstrom) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Staphylococcus phage 80alpha
全体 | 名称: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Staphylococcus phage 80alpha
超分子 | 名称: Staphylococcus phage 80alpha / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Lysogenic 80alpha with small terminase gene deletion NCBI-ID: 53369 / 生物種: Staphylococcus phage 80alpha / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 25.27 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Procapsid / 直径: 546.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Major head protein
分子 | 名称: Major head protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) |
分子量 | 理論値: 36.846883 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
配列 | 文字列: MEQTQKLKLN LQHFASNNVK PQVFNPDNVM MHEKKDGTLM NEFTTPILQE VMENSKIMQL GKYEPMEGTE KKFTFWADKP GAYWVGEGQ KIETSKATWV NATMRAFKLG VILPVTKEFL NYTYSQFFEE MKPMIAEAFY KKFDEAGILN QGNNPFGKSI A QSIEKTNK ...文字列: MEQTQKLKLN LQHFASNNVK PQVFNPDNVM MHEKKDGTLM NEFTTPILQE VMENSKIMQL GKYEPMEGTE KKFTFWADKP GAYWVGEGQ KIETSKATWV NATMRAFKLG VILPVTKEFL NYTYSQFFEE MKPMIAEAFY KKFDEAGILN QGNNPFGKSI A QSIEKTNK VIKGDFTQDN IIDLEALLED DELEANAFIS KTQNRSLLRK IVDPETKERI YDRNSDSLDG LPVVNLKSSN LK RGELITG DFDKLIYGIP QLIEYKIDET AQLSTVKNED GTPVNLFEQD MVALRATMHV ALHIADDKAF AKLVPADKRT DSV PGEV UniProtKB: Major capsid protein |
-分子 #2: Scaffold protein
分子 | 名称: Scaffold protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) |
分子量 | 理論値: 23.410941 KDa |
組換発現 | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
配列 | 文字列: MEENKLKFNL QFFADQSDDP DEPGGDGKKG NPDKKENDEG TEITFTPEQQ KKVDEILERR VAHEKKKADE YAKEKAAEAA KEAAKLAKM NKDQKDEYER EQMEKELEQL RSEKQLNEMR SEARKMLSEA EVDSSDEVVN LVVTDTAEQT KSNVEAFSNA V KKAVNEAV ...文字列: MEENKLKFNL QFFADQSDDP DEPGGDGKKG NPDKKENDEG TEITFTPEQQ KKVDEILERR VAHEKKKADE YAKEKAAEAA KEAAKLAKM NKDQKDEYER EQMEKELEQL RSEKQLNEMR SEARKMLSEA EVDSSDEVVN LVVTDTAEQT KSNVEAFSNA V KKAVNEAV KVNARQSPLT GGDSFNHSTK NKPQNLAEIA RQKRIIKN UniProtKB: Scaffold protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |